![ブラジルはいますぐXのブロッキングを撤回せよ | p2ptk[.]org](https://cdn-ak-scissors.b.st-hatena.com/image/square/09592caea042acc4ba4aaf6069c91f5673a1ff65/height=288;version=1;width=512/https%3A%2F%2Fp2ptk.org%2Fwp-content%2Fuploads%2F2024%2F09%2FFB-oversight-content-moderation-post-header-e1557851503927.jpg)
【R】DEseq2を用いた RNA-seq解析データの発現変動遺伝子抽出【RNA-seq】 - LabCode
RNA-seqデータ解析では、健常者と疾患患者、コントロールと薬剤刺激など、様々な発現変動遺伝子（DEG）を取得するかと思います。しかし、多変量となる遺伝子から手作業でDEGを抽出するのは大変です。 ここでは、DEGの抽出方法としてDEseq2ライブラリを用いて行う方法を解説します。 これによりRNA−seqデータから簡単にDEGが抽出できるようになります。ぜひ挑戦してみましょう。
タグ検索の該当結果が少ないため、タイトル検索結果を表示しています。
RNA-seqデータ解析では、健常者と疾患患者、コントロールと薬剤刺激など、様々な発現変動遺伝子（DEG）を取得するかと思います。しかし、多変量となる遺伝子から手作業でDEGを抽出するのは大変です。 ここでは、DEGの抽出方法としてDEseq2ライブラリを用いて行う方法を解説します。 これによりRNA−seqデータから簡単にDEGが抽出できるようになります。ぜひ挑戦してみましょう。
ローカル上でRNA-seq解析環境の整え方がわからない方はいませんか？また自分のPCが推奨環境のものではなく、環境依存のエラーに困っている方はいませんか？ そのような方に向けてブラウザ上でRNA-seq解析データの定量ができるRaNA-seqをご紹介いたします。 RaNA-seqを使える様になると自分のPC上でRNA-seq環境を整える必要がなく環境依存エラーの解決をしなくても良くなります。是非やってみましょう！ RaNA-seqとは？ RaNA-Seqは、RNA-Seqデータを迅速に解析するためのオープンなバイオインフォマティクスツールです。FASTQファイルの定量、品質管理メトリクスの計算、差次的発現解析の実行、機能解析による結果の解釈を可能にする完全な解析を数分で実行します。手持ちのFastqファイルをRNA-seq解析の複雑な環境構築なしでブラウザ上で実行できることで定評があります
【シングルセル】Single Cell RNA-seqデータを用いた疑似バルクRNA-seq解析を行う方法【pseudo bulk analysis】 - LabCode
擬似バルク RNA-seq 解析（pseudo bulk RNA-seq analysis）とは？ 疑似バルク解析（pseudo bulk analysis）とは、シングルセルRNA-seqデータを用いて、bulk RNA-seqの解析手法を適用できるようにすることです。以下でもう少し詳しく説明します。 バルクRNA-seqとは バルクRNA-seqは、多数の細胞から抽出されたRNAをまとめて解析します。比較的安価で、広く利用されています。scRNA-seqと違って全体のRNA発現プロファイルを提供しますが、個々の細胞の違いは反映されません。そのため大規模な発現変動の解析、遺伝子発現のパターンの特定、疾患関連遺伝子の発見などに適しています。 疑似バルク解析とは 疑似バルク解析（pseudo-bulk analysis）は、シングルセルRNA-seq（scRNA-seq）データを用いて、バル
Cytoscapeの魅力の一つは、その豊富なプラグイン（アプリとも呼ばれる）です。これらのプラグインは、ユーザーが特定の分析やビジュアライゼーションのニーズに合わせてCytoscapeの機能を拡張することを可能にします。 Cytoscapeのプラグインリストは、Cytoscape App Store（http://apps.cytoscape.org/）で確認でき、Cytoscape開発チームによって知られているすべての公開プラグインがリストアップされています。 今回は遺伝子発現データの可視化、ネットワーク解析、および生物学的経路の探索を助ける代表的なプラグインを解説したいと思います。 Cytoscapeをインストールする まずはCytoscapeをインストールしていきましょう。以下のサイトにアクセスしてダウンロードしてください。 https://cytoscape.org/ ダウンロード
【scRNA-seq】single cell RNA-seqデータを公共データから探す方法【バイオインフォマティクス】 - LabCode
scRNA-seqとは？ scRNA-seq (single-cell RNA sequencing)は、個々の細胞内の遺伝子発現パターンを研究するために使用される方法です。これにより、細胞集団内の個々の細胞での遺伝子発現を分析することができます。細胞の識別、細胞のライフサイクル、細胞の発生などに用いられることが多い手法です。 Stephanie Hicks Welcome to the World of Single-Cell RNA-Sequencing https://speakerdeck.com/stephaniehicks/welcome-to-the-world-of-single-cell-rna-sequencing?slide=3 scRNA-seq解析をするときの言語はRとPythonどちらを選ぶか Single cell RNA-seq解析には、PythonとRの両
主成分分析（PCA）とは？ 主成分分析とは、多次元データを低次元に次元圧縮する手法の一つです。主成分分析は、データの性質を最もよく表す要素を抽出することができるため、データの可視化やクラスタリングなどの機械学習手法を用いた分析にも活用されます。 RNA-seq解析では、主成分分析を使用することで、大量の発現データをより簡単かつ高速に解析することができます。主成分分析は、原発現データの次元圧縮を行い、主な発現変動のパターンを抽出します。これにより、大量の発現データを分かりやすく視覚化し、その結果をもとに遺伝子の発現変動や発現パターンを解析することができます。 Rを実行する準備 今回はRstudioを使ってRを実行していきます。 各OS環境を元にこちらのサイトよりインストーラーをダウンロードしてください。 https://cran.r-project.org/ インストールするバージョンは最新
【バイオインフォマティクス】CellBenderでSingle Cell RNA-seqデータのノイズ除去を行う【scRNA-seq】 - LabCode
scRNA-seqデータはクオリティコントロール(QC)をすると聞いたことがあるかもしれませんが詳しく理解ができていない人もいるのではないでしょうか。 ここではSingle Cell RNA-seqサンプルをCellBenderを使ってノイズを除去する方法を学びます。 これまで漠然としていたscRNA-seqのクオリティコントロールについてわかるようになります。ぜひ挑戦してみましょう。 CellBenderとは？ CellBenderには解説ページが用意されているので、今回はこちらをもとに解説していきます。 CellBenderとは、scRNA-seqデータにしばしば存在する実験的なノイズやアーチファクト（背景ノイズ、ドロップアウト、空のドロプレットなど）を処理するためのソフトウェアです。 空のドロプレットの識別：ドロップシーケンシングでは、細胞がキャプチャされなかったドロプレットでもRN
R言語とは？ R言語は、統計分析やグラフ作成などのために開発されたプログラミング言語です。統計学や生物学向けに大量のパッケージが存在しております。R言語は文法が簡潔であり、グラフ作成の機能が強力なことが特徴です。また、他の言語とのインターフェイスも提供されており、大規模なデータ処理やモデリングを行うこともできます。 またRはRNA-seq解析においても利用されます。RNA-seq解析パッケージを利用すると、遺伝子発現量の比較、差分発現解析、GO領域やKEGGパスウェイ分析などが簡単に行えるようになっています。また、可視化機能も豊富で、発現量のヒストグラムや発現量の比較などをグラフとして出力することもできます。 Rstudioの設定 Rを実行するにははじめに環境構築が必要となります。今回はRを実行する環境としてRstudioを使っていきます。 各OS環境を元にこちらのサイトよりインストーラー
作画ツールggplotとは？ ggplotは、R言語において美しく柔軟なグラフを描画するためのパッケージです。各種グラフのタイプ（散布図、ヒストグラム、箱ひげ図など）もggplotを使用することで描画することができます。生命科学において、RNA-seq解析の結果を視覚化するために使用されます。RNA-seq解析によって得られた遺伝子発現量のデータを可視化することで、遺伝子の発現パターンを理解することができます。美しく柔軟なグラフを簡単に描画することができるのでR言語を使う醍醐味だと考える人も多いです。 Rstudioの設定 R環境の用意 Rを実行するにははじめに環境構築が必要となります。今回はRを実行する環境としてRstudioを使っていきます。 各OS環境を元にこちらのサイトよりインストーラーをダウンロードしてください。https://cran.r-project.org/ インストール
RNA-seqを用いた全ゲノム解析のやり方を知りたいと思いませんか？ RNA−seq解析はドライ系のバイオインフォマティシャンの人だけがやるんでしょ..?と考えている実験系の人は多いかもしれませんが、近年はRNA−seq解析の敷居が下がり、実験系の人でも取り入れることが可能になってきております。 前回はMac向けのikraの使い方を書きましたが、実際の多くの研究者はWindowsを使っていると思いますので、今回はLinuxのディストリビューションであるUbuntuを入れることで、Windowsでもikraを動かす方法を紹介したいと思います。 デバイス名 K-DELL プロセッサ 12th Gen Intel(R) Core(TM) i5-1240P 1.70 GHz 実装 RAM 8.00 GB システムの種類 64 ビット オペレーティング システム、x64 ベース プロセッサ ikra
RNA-seq解析の手法の一つにメタ解析と呼ばれる手法があることを聞いたことがありますでしょうか。メタ解析はNGSを持っている研究室だけができる研究手法でしょ？と思っている人もいるかも知れませんが、最近は公共データを大量に解析することで、データを再活用することも注目されています。 この記事では、RNA-seq解析自動化パイプラインであるikraを用いて、論文で使われているようなメタ解析の手法をご紹介したいと思います。解析の時間はかかりますが、難しくありません。メタ解析にはいろいろなやり方がありますが、今回はikraと相性のよいメタ解析のやり方を紹介します。 メタ解析を学べば、それだけで論文が書けてしまうほど強力な手法になります。ぜひ身につけていきましょう！
皆さんは、バイオインフォマティクスやRNA-seq解析したいとなったとき何から始めますか？多くの方が、「バイオインフォマティクスやRNA-seq、興味はあるけど何から手をつけたらよいかわからない…」状態なのかなと思います。そんな人に対して私のおすすめは、データ解析環境の用意とコマンドライン操作に慣れておくです。コマンドラインの黒い画面に苦手意識がある方も多いかもしれませんが、バイオインフォマティクスをやる上では難しい操作は一切しないのでご安心ください。 今回は、バイオインフォマティクスやRNA-seq解析をやる上で、最適な解析環境の作り方や基本的なコマンドライン操作について解析します。 また、バイオインフォマティクスがどうしてもMac有利にソフト開発されている観点から、本記事でもMacにおける操作を主に扱います。Windowの方はPowershellで置き換えて読んでいただけると幸いです。
皆さん公共のRNA-seqデータを探すときに、どのようにして探してますか？公共のRNA−seqデータを探したいけど、いろんなデータベース（DB）があってどこを探せばよいのかわからない…などの経験は少なからずありますよね。今回はAOEと呼ばれるRNA−seqデータをまとめているDBのまとめをしているサイトをご紹介したいと思います。 AOEの使い方はそうですが、AOEが公開しているAPIを使えばもっと効率よくRNA-seqデータの収集が可能です。APIと聞くと使用が難しそうに感じますが、そんなことはなくAPIを動かすコードまで公開いたしますので安心してください。 AOEを使いこなせるようになって効率よくRNA-seqのアーカイブデータの探索をしましょう！
【バイオインフォマティクス】公共データを用いて最速でRNA−seq解析を行う方法 (可視化編)【Ikra】 - LabCode
iDEP iDEPは、ウェブブラウザ上でRNA-seqデータ解析を行うことができるウェブツールです。1つのwebサイトで以下の解析が一括でできる優れものです！ Heatmap k-means PCA DEG解析 Volcano Plot MA Plot Scatter Plot GO term解析 Pathway解析 KEGG Genome view Bicluster Network解析 RNA-seq解析 実はikraによって作成されたoutput.tsvはiDEPで解析するために作られています。そのため、output.tsvさえ用意できてしまえば、iDEPを使うのは難しくありません。実際に使ってみましょう。 iDEPへデータをアップする方法 Upload expression data(CSV or text)にoutput.tsvをuploadします。 1. Optional: S
ikraについて ikraはRNA-seq解析を完全自動化したツール ikraはRNA-seqの生データから、発現量データをTSVファイルとして出力する解析パイプラインです。RNA-seq解析を行うには複数のツールを組み合わせて段階的に解析していく必要がありますが、ikraではすべてのツールをパイプラインとしてつなぐことで、実行コマンド一つで自動的に各ツールが実行されていく仕組みになっています。そのため、RNA-seq解析初心者が各ツールの使い方がわからず挫折する、、といった事態を避ける事ができます。 またikraで使用できるRNA-seqデータの生物種はhumanかmouseに限られていますので、ご注意ください。 ikraから出力されるファイル群 ikraから出力されるファイルはクオリティチェックファイル(fast.qc)など複数ありますが、遺伝子発現の定量結果はoutput.tsvに出
j次のブックマーク
k前のブックマーク
lあとで読む
eコメント一覧を開く
oページを開く
【RNA-seq】RaNA-seqを用いたRNA-seq発現量の定量【バイオインフォマティクス】 - LabCode
【RNA-seq】Cytoscapeの使い方【ネットワーク解析】 - LabCode
Amazon.co.jp: RNA-Seqデータ解析 WETラボのための鉄板レシピ (実験医学別冊): 坊農秀雅: 本
【バイオインフォマティクス】R言語でRNA−seqデータの主成分分析する方法【PCA】 - LabCode
【RNA-seq】RNA-seq解析に必要なRの知識(データフレーム編)【R】 - LabCode
【RNA-seq】RNA-seq解析に必要なRの知識（ggplot編）【R】 - LabCode
【Windows】Windowsでikraを使ってRNA-seq解析【RNA-seq解析】 - LabCode
【バイオインフォマティクス】ikraを用いたメタ解析のやり方【RNA-seq】 - LabCode
【バイオインフォマティクス】コマンドライン操作の基本【RNA-seq】 - LabCode
【バイオインフォマティクス】公共のRNA−seqデータを一括で探す方法【AOE】 - LabCode
【バイオインフォマティクス】公共データを用いて最速でRNA−seq解析を行う方法 【ikra】 - LabCode
mikasako.com
ayumi1.nk.awe.jp
daydate.livedoor.blog
www.gqjapan.jp
runt-vattnet.jp
mikasako.com