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http://www.jaist.ac.jp/~m-hatake/gromacs/howtogromacs.txt
How to GROMACS(Last update:20070124) Masaomi Hatakeyama 20041005 the beginning to write * Contents * Chap0 はじめに * Chap1 心の準備 * Chap2 GROMACSインストール * Chap3 GROMACS概要 * Chap4 GROMACS詳細その1 demo * Appendix GIFアニメーションの作り方 * Appendix .xvg(xmgrace用)ファイルをgnuplot用ファイルに変換するスクリプト * Appendix g_rotacf * Appendix Put in the wall * Appendix トラジェクトリーファイル(traj.trr)を連結する。 * Appendix 途中でプログラムが止まった時は、、、
Lecture notes on softmaterial analysis (MD procedure flow)
1. 計算する前に考えること 2. 計算の流れ 3. PDBファイルの作成 4. トポロジーファイルの作成 5. 初期構造の作成 6. エネルギー最小化 7. 初期平衡ＭＤ計算 8. 本計算 9. 結果の解析 GROMACSオンラインマニュアル 計算する前に考えること どんな現象を計算するか？ 計算機の高速化により、以前は不可能と言われていた蛋白分子のフォールディングや、液晶分子系のネマチック相転移のＭＤ計算がここ数年、可能になりつつある。 しかし、下の図に示すようにＭＤで算できる現象の時間・空間の範囲はまだまだ非常に限られており、ＭＤが時間・空間スケールの小さな現象の解析に向いていることには変わりはない。 ＭＤで解析する事が可能な現象であるか否かを、事前に注意深く検討する必要がある。 どんな系を計算するか？ 実用的に興味あるソフトマテリアルの多くはある程度複雑な分子であり、また、その凝集
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分子モデリング研究所 分子のモデリングと分子構造の解析
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