The 17th CDB Meeting-Towards Synthesis of Cells-
本ミーティングは、「Toward Synthesis of Cells -Reconstruction and Design of Cellular Functions-」と題して開催します。専門の異なる研究者を招待スピーカーとしてお招きし、分子、細胞、器官の再構成の実現に向けて議論します。細胞分子生物学・ゲノミクス・バイオイメージング・物理学・工学の各分野における知見、リソース、技術をいかに集結するか、この新しい分野の現状や将来について最先端の議論が展開されることを期待します。 具体的には次のトピックを予定しております。 ―分子の構築および細胞の基礎的なシステムの構成 ―自己複製システムの構成 ―高次細胞システムの構成にむけて ―細胞と器官の構成にむけて ―細胞の構成における新技術：一分子解析と分子力学シミュレーション 本ミーティングでは、発表演題を公募します。ポスターセッションの他、優
cdview ver.1.09
粒子の表示プログラム cdview ver.1.09 特徴 MDシミュレーションなどで得られた粒子の位置情報を画面上に表示できる マウス操作により好きな角度から系を見ることができる 粒子の位置の情報は普通のテキストファイルで与えるのでデータを作るのが容易 位置を表すファイルを複数用意することで連続して粒子位置を表示できる(簡易アニメーション機能） 任意の粒子間にボンドを描くことができる（別ファイルで指定） 粒子の色、半径を自由に設定できる シミュレーションセルを表すセルボックスを描くことができる 描画している絵を.bmpファイルに保存できる プログラムはOpenGLとglutを使って書いてあるのでWindows, Mac, Linux等で実行可能 ハードウェアが対応していればステレオ立体視も可能 更新情報 2005.1.6 cdview ver.1.09を更新 クリック時に表示される原子
第一原理バンド計算 - Wikipedia
この記事は検証可能な参考文献や出典が全く示されていないか、不十分です。 出典を追加して記事の信頼性向上にご協力ください。（このテンプレートの使い方） 出典検索?: "第一原理バンド計算" – ニュース · 書籍 · スカラー · CiNii · J-STAGE · NDL · dlib.jp · ジャパンサーチ · TWL (2011年10月) 第一原理バンド計算（だいいちげんりバンドけいさん）は、実験結果に依らないで（第一原理）計算が遂行されるバンド計算である。第一原理電子構造計算、第一原理電子状態計算、あるいは単にバンド計算とも言う。 第一原理バンド計算手法には、様々なものがある。主に、擬ポテンシャル+平面波基底によるものと、全電子による電子状態計算手法とがある。全電子手法には、LMTO法、APW法、線形化 APW 法（LAPW法）、KKR法とそのフルポテンシャル版などがある。
Journal of Chemical Software, Vol., No. (1999)
生体分子の分子動力学シミュレーション(1)方法 古明地 勇人, 上林 正巳, 長嶋 雲兵 Return 目次 古典分子動力学シミュレーションの概要 初期構造と初期速度 力とポテンシャルの計算 時間積分 アンサンブル（温度制御など） トラジェクトリーの解析方法 おわりに 1 古典分子動力学シミュレーションの概要 本総説では、生体分子分子動力学用ソフトウェアPEACH（Program for Energetic Analysis of bioCHemical molecules,古明地, 1995）に導入されたアルゴリズムを中心に、タンパク質やDNAなど生体高分子の分子動力学シミュレーション（MD）の方法を解説する。 古典分子動力学法（古典MD）とは、一般に「N体多体系の状態の時間発展を、ニュートンの運動方程式の数値解を差分法により求めてシミュレーションすること」と定義できる。つまり、連立微分
Biomolecular simulation by PEACH
ACROBAT READER が必要です。 注意：現時点では、PEACHのソースコードは配布を休止しています。 以下の資料のうち、資料(1)は公開準備中のPEACH ver. 7に対応していますが、 資料(2)はすでに公開を停止したPEACH ver. 6対応のままです。 PEACH ver. 7の公開が遅れているため、 このような事態になってしまいました。資料(1)への需要が高いらしいので、 ソフトPEACHと資料(2)よりも優先して、資料(1)の改訂版を先に公開することにしました。 ご理解をお願いいたします。 PEACHによる生体分子の分子動力学シミュレーション(1)原理と方法 産業技術総合研究所・古明地勇人 第7版 2007年8月30日 PEACH ver. 7（未公開）対応 序 1．古典分子動力学シミュレーションの概要 2．分子動力学計算の準備
The Molecular Simulation Society of Japan (MSSJ)
分子シミュレーション学会は、 コンピュータシミュレーションの手法により 分子集合体の物理・化学的性質を求めるための諸問題を研究する 約３００名の会員により構成されています。 会員は大学・研究所・企業の研究者、大学院生・学生が主です。 本学会の主な活動には学術討論会、講習会、産学連携フォーラムがあります。 また、学会ニュースレターが季刊に発行され、会員同士の情報交換に用いられています。 その他、会員の所属する研究室の大学院生らによって夏の学校が行われています。 TOPICS 2024年8月28日 第38回分子シミュレーション討論会の参加登録受付を開始しました。 2022年9月5日 第36回分子シミュレーション討論会の参加登録受付を開始しました。 オンサイト/オンライン併用となります。 2021年9月9日 第35回分子シミュレーション討論会の参加登録受付を開始しました。 口頭発表はオンサイト，
TOKYO TECH OCW
学士課程を見る 理学院 数学系 物理学系 化学系 地球惑星科学系 共通専門科目 工学院 機械系 システム制御系 電気電子系 情報通信系 経営工学系 共通専門科目 物質理工学院 材料系 応用化学系 共通専門科目 情報理工学院 数理・計算科学系 情報工学系 共通専門科目 生命理工学院 生命理工学系 共通専門科目 環境・社会理工学院 建築学系 土木・環境工学系 融合理工学系 社会・人間科学系 イノベーション科学系 技術経営専門職学位課程 共通専門科目 工学院，物質理工学院，環境・社会理工学院共通科目 初年次専門科目 理学院 工学院 物質理工学院 情報理工学院 生命理工学院 環境・社会理工学院 大学院課程を見る 理学院 数学系 数学コース 物理学系 物理学コース 化学系 化学コース エネルギーコース 地球惑星科学系 地球惑星科学コース 地球生命コース 共通専門科目 工学院 機械系 機械コース エネ
生物情報工学 講義
生物情報工学 講義資料 農学部 生命化学・生命工学専修 清水謙多郎 担当 実習資料１ データベースの検索からタンパク質のグラフィックス表示まで 実習資料２ ゲノムネット 実習資料３ GeneScan 実習資料４ モチーフ検索 実習資料５ 分子動力学法と構造ゲノム科学 本講義では、生命工学へのコンピュータの応用について、基礎となる概念、 手法を講義する。まず、計算化学（computational chemistry）の入門として、 分子モデリングと分子グラフィックス、エネルギー最小化計算、分子シミュレーション、 分子軌道法などを論じる。 次に、生命情報科学（バイオインフォマティクス, bioinformatics）の分野について、 データベースに蓄積された情報に基づくホモロジー解析の基礎的な手法から、 そうした情報をさらに広範に利用した生体分子の構造予測、 機能解析に関する研究まで、幅広く紹
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2008/09 Symposium on Challenges in Scientific Computing
マイクロダイナミクス研究室 (大阪大学 大学院工学研究科 知能・機能創成工学専攻先導的融合工学講座)(旧)マイクロ動力学講座
http://kyoyo.itc.u-tokyo.ac.jp/backup.html
http://groups.yahoo.co.jp/group/bioinformatics-jp/messagesearch?query=%80%A0%A0%CA%AC%BB%D2%C6%B0%CE%CF%B3%D8
http://www.ciss.iis.u-tokyo.ac.jp/dl/index.html
Quantum:Huckel approximation
http://staff.aist.go.jp/y-komeiji/link_j.html
分子モデリングと分子シミュレーション2005 || 東京大学農学生命情報科学大学院教育研究ユニット アグリバイオインフォマティクス 人材養成プログラム