追記 git rm で削除したファイルはなく rm で削除したファイルだった。 本題 git rm rm で削除したファイル、git add しても以下のように stage にあげられなかった。 # Changes not staged for commit: # (use "git add/rm <file>..." to update what will be committed) # (use "git checkout -- <file>..." to discard changes in working directory) # # deleted: hoge.js # deleted: foo.js # git add . --update で無事あげられました。 # Changes to be committed: # (use "git reset HEAD <file>.