セントラルドグマから外れたncRNAの新たな役割(と新たなオープンアクセスジャーナル) - 蝉コロン
ウイルス, 科学こないだちょっと「遺伝子」なんだろねみたいな話をしたけれども、そんな、現在「遺伝子」としてカウントされてるんだかされてないんだか分からない、蛋白質を作らないノンコーディングRNA(ncRNA)にニューカマーが登場です。Unique Signatures of Long Noncoding RNA Expression in Response to Virus Infection and Altered Innate Immune Signaling ? mBio この論文では短いRNAであるmicroRNAと区別するためにncRNAのうち200nt以上のものをlncRNAと呼んでいる。 small RNAsじゃないncRNAで有名どころはXistかな。X染色体不活性化(♀はXを二つ持っててずるいから片方はおとなしくしていてもらいましょう効果)に働く因子。あとは元々なんらかの
日本の学術雑誌 - 蝉コロン
科学日本の国際学術誌(ライフサイエンス系)ってどんな感じなんだろと思い調べてみた。自分が知ってるJournalの名前をいくつか並べて検索したら2chのスレしか引っかからなかったので、とりあえず僕の知ってるのとそこで言及されてたのだけです。いやらしいことにIF順にしました。どの雑誌もgoogleで雑誌名入力するだけで「"雑誌名" Impact factor」がsuggestされるので検索が楽だった。 DNA Research 4.917 かずさDNA研究所いきなりなんですが、これは知らんかった。雑誌自体は何か見たことあるけどかずさだったとは。おみそれしました。Nucleic Acid Researchという雑誌がこの分野で一目置かれている印象で、そこのIFが7くらいだから、投稿先候補としてNARの次くらいに挙がるんじゃないでしょうか。Cancer Science 3.771 日本癌学会かつて
トリュフゲノム - 蝉コロン
科学先月末にオンライン版は出ていたようだが、トリュフゲノムが解読された。黒トリュフ。Perigord black truffle genome uncovers evolutionary origins and mechanisms of symbiosis : Article : Natureタイトルのペリゴールってのは、フランスの地名でフォアグラ、トリュフ、ワインが有名なんだって。 トリュフはこれまでに解析された真菌で最も大きく複雑な125Mbのゲノムである。解析の結果、そのうち58%がトランスポゾンだったんだって。うぜえ。タンパクをコードする遺伝子は7,500ほど。ファミリーになってる遺伝子は少ない。トランスポゾンばっかり飛び回ってて、遺伝子のduplicateは少ないんだな。 菌やら植物やらの性について全く無知で*1、雌雄同株の子嚢菌であるところのトリュフはさらにややこしくて（wi
巨大ウイルスはただおっきいだけじゃない - 蝉コロン
mRNA deep sequencing reveals 75 new genes and a complex transcriptional landscape in Mimivirus ? Genome Research 巨大ウイルスとして知られるmimivirusのmRNAが次世代シーケンサー使ってさらに詳細に解析された。もともと900遺伝子（タンパクをコードする）くらいが知られていた。ちなみにメジャーどころのHIVやインフルエンザウイルスは10遺伝子前後くらい。B型肝炎ウイルスは4。最小はデルタ肝炎ウイルスかな*1。 さて巨大ウイルスの方、今回新たにRoche 454 GS FLX使って633,346 readsしたら322,904がmimivirus由来で*2、うち新規に75のtranscripts*3が同定された。蛋白質をコードしないncRNAsもいっぱい取れた。 ところで一般
ニュートリノ検出しようと海底調べたらクジラだらけだった - 蝉コロン
動物, 科学http://www.nature.com/news/2009/091202/full/462560a.htmlとか。日本語版もある。イタリア国立核物理学研究所(INFN)の素粒子物理学者Riccobeneと、同じくイタリアはパビア大学の海洋生物学者Pavanのお話。 僕はニュートリノについては「ほら、あれでしょ、スーパーカミオカンデ。ノーベル賞の。」としかコメントできる知識がないんだけど、がんばってざっくり説明すると、ニュートリノは質量がゼロに近くて物質と相互作用することは非常にまれで地球を通り抜けて行ってしまう。でも超々まれに他の物質と衝突することがある。スーパーカミオカンデはでっかいプールで、ニュートリノが水分子の電子と衝突すれば、それによって放出されるチェレンコフ光として検出でき、ああこれはどこそこの超新星爆発で出てきたニュートリノだな、とか言ってみたりなどでき
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