「エラーメッセージ: SQLSTATE[HY000]: General error: 11 database disk image is malformed.」と出たら... エラー発生箇所がSQLiteのドライバーで発生している場合、debugkitでの問題である可能性が高いです。 とりあえずエラーメッセージ「database disk image is malformed.」から察するにファイルが壊れているっぽいので「/tmp/debug_kit.sqlite」をいったん削除。 その後、アプリを動かしたらエラーは解消され、debug_kit.sqliteも自動で生成されました。