2017年9月7日のブックマーク (6件)

  • Ensemblゲノムブラウザを使って遺伝子の場所や周辺情報を調べる 2017

    Ensembl Genome Browserは、 EBI(European Bioinformatics Institute) で開発、維持されているゲノムブラウザ、ゲノムアノテーション閲覧システムのことです。Ensembl では、ゲノム配列上の遺伝子や各種マーカー、SNPなどを簡単に検索し、調べることができます。ある遺伝子がゲノム配列上の「どこ」にあって、その周辺に「何」があるのか調べることは、地図から目的の場所を調べるのと似ています。ゲノムブラウザは多種多様な使い方がありますが、その一番基的な使い方である遺伝子の場所や周辺情報を調べる方法について、Googleマップと対比させて説明します。

    Ensemblゲノムブラウザを使って遺伝子の場所や周辺情報を調べる 2017
    sayamatcher
    sayamatcher 2017/09/07
    #togotv update! “Ensembl Genome Browserは、 EBI(European Bioinformatics Institute) で開発、維持されているゲノムブラウザ、ゲノムアノテーション閲覧システム”
  • Creating a pedigree chart using f-treeGC (ver.1.1)

    f-treeGC (ver.1.1) is a pedigree-creating software program published by Iwate Medical University. The user simply enters genealogical information, and the program automatically creates pedigree charts. Just enter the family relationships, it is possible to draw a family tree automatically. Furthermore, not only the family relationships, it can also draw information of the disease. (Note: Adobe AIR

    Creating a pedigree chart using f-treeGC (ver.1.1)
    sayamatcher
    sayamatcher 2017/09/07
    “f-treeGC is a pedigree-creating software program published by Iwate Medical University.” #togotv #DBCLS
  • TOOLBOX: オンライン共同執筆ツール | Nature ダイジェスト | Nature Portfolio

    Credit: ILLUSTRATION BY THE PROJECT TWINS Fernando Caguaがジンベエザメ・ツーリズムの経済学に関する発見について論文を執筆しようとしたとき、彼が開いたのは「Microsoft Word」ではなく、ウェブブラウザだった。 アブドラ国王科学技術大学(サウジアラビア・ツワル)の生態学者であるCaguaは、他の3人の共著者と同時に1編の論文を執筆できるオンライン共同執筆環境を試してみたいと考えていた。この数年で、論文執筆に特化した共同執筆ツールがいくつか登場している。こうしたツールはそれぞれ異なる特徴を持つが、複数の著者が研究論文を執筆する際に生じる主な問題である共同執筆プロセスの管理を容易にするためにデザインされている点は同じである。一部の開発者は、科学論文の執筆や出版の方法を根底から変えたいという大きな野心を持っている。 伝統的に、共著論文

    TOOLBOX: オンライン共同執筆ツール | Nature ダイジェスト | Nature Portfolio
    sayamatcher
    sayamatcher 2017/09/07
    “ブラウザベースの共同執筆ツールの登場で、論文の執筆と出版の方法が大きく変わりつつある”
  • 国際実務者会議報告一覧

    sayamatcher
    sayamatcher 2017/09/07
    “第30回国際実務者会議報告. 2017年は 5月24日-26日に #DDBJ で開催され、DDBJ、ENA、GenBank、SRA、Trace Archive を運営する上での実務的な問題を討論”
  • FAIRsharing

    sayamatcher
    sayamatcher 2017/09/07
    #NBDC
  • 遺伝研、遺伝子発現解析の基準となるデータを検索できるWebツールを公開

    国立遺伝学研究所は、情報・システム研究機構 データサイエンス共同利用基盤施設 ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)の小野浩雅特任助教、坊農秀雅特任准教授、同機構 国立遺伝学研究所の小笠原理特任准教授、大久保公策教授の研究グループが、遺伝子発現解析の基準となる各遺伝子の遺伝子発現量を簡単に検索・閲覧できるWebツール「RefEx」を開発したことを発表した。この成果は8月30日、英国オンライン・ジャーナル「Scientific Data」に掲載された。 生命科学分野では公共データベースが多数存在しているが、実際にそれらを研究に利用しようとしたときに、使うべきデータがどれなのかわからない。特に遺伝子発現データは、DNAマイクロアレイの発明によってゲノム規模の測定が可能となって以来、さまざまな研究グループによって異なる測定手法を用いた大量の遺伝子発現データが蓄積していた。それらの

    遺伝研、遺伝子発現解析の基準となるデータを検索できるWebツールを公開
    sayamatcher
    sayamatcher 2017/09/07
    “生命科学分野では公共データベースが多数存在しているが、実際にそれらを研究に利用しようとしたときに、使うべきデータがどれなのかわからない。特に遺伝子発現データは…” #DBCLS #NIG #NBDC