How to use Allie abbreviations search with corresponding long forms 2017 Allie is a search service for abbreviations and long forms utilized in Life science. It provides a solution to the issue that many abbreviations are used in the literature, and polysemous or synonymous abbreviations appear frequently, making it difficult to read and understand scientific papers that are not relevant to the re

signalPは、タンパク質のシグナル配列の切断部位を予測することができるツールです。最新版(Ver.4.1)では、Ver3.0で採用されていたNeural NetworksとHidden Markov Modelsの2つのアルゴリズムから、マシュー相関係数（MCC）を用いた予測に変更され、旧バージョンより擬陽性を低減できるようになっています. 今回の動画内では、ニワトリのLysozymeの配列(UniProt)を用いて検索を行っています。 見どころダイジェスト 00:32 1. UniProtで配列を取得する方法の説明 01:57 2. SignalIP 4.1 で検索する方法の説明 03:09 3. SignalIP 4.1 の検索結果の説明 03:55 4. 解析データの保存方法

UCSC Genome Browser を使って様々な組織、細胞における遺伝子発現データをゲノムブラウザで表示する UCSC Genome Browserは、 米国カリフォルニア大学サンタクルーズ校(UCSC)が開発、維持しているゲノムブラウザ、ゲノムアノテーション閲覧システムです。ゲノムブラウザとはアノテーションが付加された遺伝子のゲノム上の位置やその周辺を表示するツールのことです。今回は、GTExおよびHuman Cellular MicroRNAome プロジェクト で得られた組織や細胞における発現データを、ゲノムブラウザ上で表示する方法について紹介します。 ちなみに、UCSC Genome Browser のウェブサイトはヨーロッパとアジアにミラーサイトがあり(UCSC Genome Browser Mirror Sites)、日本からアクセスする場合には、アジアのミラーサイト(R

2018 1/9 version3のコマンドを最後に追記 2019 2/24 論文追記 2019 7/5  verrsion3向けに説明をアップデート 2019 11/24 論文追記 2019 12/26 v4インストール追記 2020 3/26 v4 追記 2020 6/15 構成を変更 2020 7/7 v4 のtrancrripts の説明が間違っていたのを修正 2020 7/22 誤字修正 2020 8/26 docker link追記2020 9/27 最新の情報を一番上に移動 2021 2/5 busco5のインストール追記,  dockerのコマンド修正 ゲノムのアセンブルやde novo transcriptomeの評価手法の１つに、Core gene setがアセンブルされた配列の中にどれだけあるか調べる方法がある（core genesは構成的に発現していると考える）。そ