2019年4月11日のブックマーク (4件)

  • SPARQLthon79 - TogoWiki

    開催概要 開催期間:2019年 4月 22(月)- 23日(火) 開催場所:ライフサイエンス統合データベースセンター (DBCLS) @ 東京大学 柏の葉キャンパス駅前 サテライト 6階 アクセス:http://dbcls.rois.ac.jp/access 開催連絡:http://groups.google.com/group/biohackathon-jp メーリングリストにて 周辺の事処 Google Map プロジェクト TPP グループ全体 継続中 データサイエンスを加速させる微生物統合データベースの高度実用化開発 (黒川) - http://microbedb.jp/ 糖鎖科学ポータルの構築 (木下) WURCSから、糖鎖構造のイメージのRDF化するバッチの開発。base64の文字列を、sparqletでエンドポイントにロード。(青木・新町) /mw/SPARQList/gl

    sayamatcher
    sayamatcher 2019/04/11
    #SPARQLthon はライフサイエンスにおけるセマンティック・ウェブ技術の利用や開発に興味のある方が自由に集い、議論し、開発し、実務をこなしつつ交流を図る場。今月は4月 22(月)- 23日(火)、於: #DBCLS 柏
  • LEfSeを使って細菌叢(Microbiome)の群間比較解析とバイオマーカー探索を行う

    LEfSe(Linear discriminant analysis effect size)は Curtis Huttenhowerらによって開発されたメタゲノムバイオマーカーを発見するためのツールです (原著論文: Metagenomic biomarker discovery and explanation.)。 複数条件下の微生物群集データを対象に、集団の違いを説明できる特徴量(生物種、系統、OTU、遺伝子、機能など)を統計学的に抽出することができ、ある現象を引き起こす原因菌などを探索することにも用いられます。今回は、Galaxy版のLEfSeを使って、ヒトの各部位ごとに細菌叢と酸素利用性を取得したデータをサンプルとして群間比較解析とバイオマーカー探索を行う方法について紹介します。 見どころダイジェスト 00:23 1. データセット細菌叢ファイルを用意する 00:45 2. LE

    LEfSeを使って細菌叢(Microbiome)の群間比較解析とバイオマーカー探索を行う
    sayamatcher
    sayamatcher 2019/04/11
    “メタゲノムバイオマーカーを発見するためのツールです。複数条件下の微生物群集データを対象に、集団の違いを説明できる特徴量(生物種、系統、OTU、遺伝子、機能など)を統計学的に抽出することができ…” #togotv #DBCLS
  • NAROジーンバンクとナショナルバイオリソースプロジェクトのデータ連携による遺伝資源の横断検索システム(PGR-Gateway) ―遺伝資源への効率的なアクセスの実現に向けて― | 国立遺伝学研究所

    NAROジーンバンクとナショナルバイオリソースプロジェクトのデータ連携による遺伝資源の横断検索システム(PGR-Gateway) ―遺伝資源への効率的なアクセスの実現に向けて― プレスリリース資料 農研機構と国立遺伝学研究所、京都大学は、NAROジーンバンクとナショナルバイオリソースプロジェクトで保存している植物の遺伝資源のうち、イネとコムギの遺伝資源につ いて横断的に検索できるシステム(PGR-Gateway)を開発し、2019年1月に公開しました。 遺伝資源は、農産物や医薬品などとして活用する直接的な価値と、地球環境保護に利用する間接的な価値を持つ、将来の人類にとって貴重な財産です。いくつかの国立研究開発法人や公設試験場、大学等では、植物種子などの遺伝資源を収集・保存し、遺伝資源の配布や遺伝資源情報の提供を行っています。遺伝資源の利用者にとって、どこの保存機関がどのような遺伝資源を保存

    sayamatcher
    sayamatcher 2019/04/11
    “NAROジーンバンクとナショナルバイオリソースプロジェクトのデータ連携による遺伝資源の横断検索システム(PGR-Gateway) ―遺伝資源への効率的なアクセスの実現に向けて―” #NBRP #NIG #NARO
  • ブラックホールあるM87、元々はウルトラマンの故郷?(朝日新聞デジタル) - Yahoo!ニュース

    今回、国際研究チームによって初めて撮影された巨大ブラックホール。その場所は、おとめ座にある楕円(だえん)銀河「M87」の中心にある。 M87は昔から天文学者が注目してきた天体だ。1918年、銀河の中心付近から直線的な「不思議な光線」が出ているのが観測された。光線は、「ジェット」と呼ばれる超高エネルギーの噴出ガス。米航空宇宙局(NASA)のハッブル宇宙望遠鏡の可視光画像でも、ジェットははっきり捉えられ、5千光年以上先にまで達している。 ジェットは、巨大ブラックホールの中心から噴出していると考えられ、他にも多数観測された。M87は巨大ブラックホールの「すみか」として注目されてきた。 ブラックホールは、中身がぎゅっと詰まった天体で非常に小さい。と言っても、M87のブラックホールの質量は太陽の約65億倍に相当する。半径は約200億キロで、太陽系で最も外側の惑星「海王星」までの太陽からの距離の4倍に

    ブラックホールあるM87、元々はウルトラマンの故郷?(朝日新聞デジタル) - Yahoo!ニュース
    sayamatcher
    sayamatcher 2019/04/11
    ひかりのくに “テレビの特撮番組「ウルトラマン」の故郷という設定の「M78星雲・光の国」は元々、「M87星雲」だったが、台本の誤植で数字が逆になったままになったと言われている”