スライドやポスター等のプレゼンテーション用資料に「イメージ通りのイラストがみつからない」、「イラストと色が合わなくて浮いてしまう」、そんなときのために パワーポイント（Microsoft PowerPoint）の図形描画機能（オートシェイプ）でイラストをつくる方法を紹介します。パワーポイントの図形描画機能を使うと簡単なマウス操作で図形を作成することができ、色や形も自由に設定することができます。これを組み合わせてイラストをつくれば、パワーポイント上で配置しながら、スライドに合わせた色や線の変更も可能です。今回は注射器のイラスト作成を例にパワーポイントの図形描写機能の使い方やイラスト作成におけるtipsを紹介します。 見どころダイジェスト 02:00 1. 写真を挿入する 02:46 2. 図形で輪郭をつくる 04:39 3. 配置を調整する 05:10 4. 色をつける 05:42 5. 前

Open Researcher and Contributor ID (ORCID)は、非営利団体ORCID, Inc.が運営する研究者・研究コミュニティのためのレジストリサービスです(ウィキペディア)。ORCIDでは個々の研究者にIDを割り振り、研究活動(業績)を自動でリンクすることができます。そのため、ORCIDで研究者を検索すると、 研究活動の履歴や最新の活動を簡単に把握できます。また、ORCIDを通じて、同じ興味を持つ研究者間で国籍や所属を越えた関係を築くことができます。最近では、Protein Data Bank (PDB)へのデータ登録の際にORCID IDの入力が必須事項であったり、論文投稿の際にORCID IDの入力を推奨している雑誌もあり、世界共通の研究者IDとして認知、活用されています。今年の8月には、科学研究費助成事業データベース「KAKEN」でORCIDとの連携機能

本日の統合TVは、2022年3月26日に開催された広島大学の最先端研究「ゲノム編集」と「バイオインフォマティクス」から、 プラチナバイオ株式会社 奥原 啓輔 氏 による「ゲノム編集とバイオDXでミライを拓く」をお送りします。 イベントの一連の動画はYouTubeの再生リストからもご覧いただけます。

本日の統合TVは、2022年3月26日に開催された広島大学の最先端研究「ゲノム編集」と「バイオインフォマティクス」から、 広島大学/ライフサイエンス統合データベースセンター (DBCLS) 坊農 秀雅 氏 による「最新研究紹介」をお送りします。 イベントの一連の動画はYouTubeの再生リストからもご覧いただけます。

TogoDX (Togo Data eXplorer: トーゴーディーエックス)は、生命科学分野における様々なデータベースを統合的に探索し、俯瞰するためのフレームワークで、ライフサイエンス統合データベースセンター (DBCLS)/バイオサイエンスデータベースセンター (NBDC)が開発を進めています。膨大な情報を多様な属性 (attribute) によって柔軟に絞り込み、必要な情報を抽出できる新しい仕組みを目指しています。このような仕組みを実現するために技術基盤としてRDF (Resource Description Framework) 規格を採用し、異なるデータベースに由来する多数のデータセットを整理し直しています。 TogoDX/Human は、国内外のデータベースから収集・統合した、ヒトに関する遺伝子、タンパク質、化合物、疾患などの情報をワンストップで探索することができます。現在、

TogoDBは、Excelなどで作成した表形式データをアップロードすることによって、ウェブブラウザ上の操作だけで簡単に公開データベースを作ることができるウェブアプリケーションです。DBCLSによって開発・運用されています。今回は、作成したCSVファイルからデータベースを作る方法について、データベースの基本設定やデータのプレビュー・編集機能、レイアウトの編集、テーブル内にリンクを設定する方法などを紹介します。 見どころダイジェスト 00:43 1. DBCLS OpenIDでログインする 01:23 2. 新しいデータベースを作成する 03:06 3. データベースの基本設定を行う 05:26 4. データをプレビュー・編集する 07:08 5. レイアウトを編集する 07:52 6. テーブル内にリンクを設定する

本日の統合TVは、2021年8月19日に開催された統合データベース講習会:AJACSオンライン8から、バイオサイエンスデータベースセンター (NBDC) 太田 紀夫 氏 による「遺伝子発現データベースを使って遺伝子リストの生物学的解釈をする(エクセルの活用)」をお送りします。 マイクロアレイやRNA-seqなどの遺伝子発現データから、意味のある遺伝子リストを作成するためには、いくつか注意しなければならないポイントがあります。今回の講習では、変動遺伝子を選択する際の基本的な考え方とリスト作成時の注意すべきポイントについて考えます。GEOから遺伝子発現のマトリクスデータを取得し、生物学系の研究者に馴染みの深いエクセルを用い、関数や詳細フィルター機能を使って、特別なプログラミングスキルがなくても、目的とする適切な遺伝子リストを自由に作れるようになることを目標とします。 見どころダイジェスト 02

2021.09.10 07:53 作者:  Takayuki Suzuki 編集:  小野 浩雅, 池田 秀也 [英字幕有/EN sub] TogoIDを使って生命科学分野のデータベースのID間の対応関係を検索し変換する How to use TogoID: Search and convert links between IDs in databases in the life sciences TogoIDは、生命科学分野のデータベース(DB)のID間の対応関係を検索および変換することができるウェブアプリケーションです。DBCLSによって開発・運用されています。遺伝子、タンパク質、化合物、疾患、遺伝子多型といった幅広いカテゴリーに渡る62種(2021年8月時点)のIDを対象としています。カテゴリー内でのID変換だけでなく、例えば疾患のIDからその疾患に関わる遺伝子のIDに変換するなど、

本日の統合TVは、2021年8月19日に開催された統合データベース講習会:AJACSオンライン8から、プラチナバイオ株式会社 / 広島大学ゲノム編集イノベーションセンター 中前 和恭 氏 による「ウェブツールを使ってゲノム編集の標的サイトを検索する」をお送りします。 本講習では、だれでも無償かつ自由に使うことができるウェブツールを活用して、適切なゲノム編集を行うための標的検索とその考え方について学びます。また、さまざまな目的に特化した標的選定やゲノム編集後の解析に活用できるツールについても紹介しています。 見どころダイジェスト 09:20 1. ゲノム編集とは？ 13:53 2. ゲノム編集を使ってノックアウトのための標的を設計する 13:53 2-1. CRISPR-Cas9を使ったノックアウト設計 21:00 2-1-1. CRISPRdirect 35:00 2-1-2. CRISP

クリエイティブ・コモンズ(Creative Commons: CC)はクリエイティブ・コモンズ・ライセンスを提供している国際的非営利組織とそのプロジェクトの総称です。CCライセンスとは、インターネット時代のための新しい著作権ルールで著作物の共有にあたり世界中で広く使用されているライセンスです。情報を共有する際には、知的所有権法や著作権法が障害となる場合があります。これらの問題を解決し、広く情報を利用できるように設けられており、著作者・利用者の双方にメリットがあります。 今回は、CCライセンスの付与されたコンテンツを利用するための方法の実例と、自分の著作物にCCライセンスを付与する方法について紹介します。 見どころダイジェスト 00:12 1. クリエイティブ・コモンズについて 00:38 2. CCライセンスのついた著作物の利用方法 00:55 3. CC-BYコンテンツの再利用方法 01

Creative Commons (CC)は、創造的な作品に柔軟な著作権を定義するライセンスシステムを提供するNPO法人です。クリエイティブ・コモンズ・ライセンスは、文書、動画、音楽、写真など多様な「作品」を対象としています。 なぜそのようなライセンスが必要なのかというと、情報を共有しようとするとき、知的所有権法や著作権法が障害になる場合があります。CCはこれらの法的問題を解決し、広く情報を利用できるように設けられたライセンスです。CCを使って「作品」を公開することは、著作権者側にも利用者側にもメリットがあります。さあ、あなたもクリエイティブ・コモンズ・ライセンスを使いこなして、研究活動の成果を再利用しやすくしてみませんか！

実験をする研究者(F) A scientist at the bench - Designed by Yuki Fujimura Edited by 小野 浩雅(ONO, Hiromasa) Taxonomy ID: - https://doi.org/10.7875/togopic.2017.18 Wikimedia Commons

NCBI GEO (Gene Expression Omnibus)はNCBIが提供・維持管理している遺伝子発現情報のデータベースです。GEOに登録されているマイクロアレイ実験のデータを、フリーのデータ解析環境 R をベースに解析できるツール GEO2Rの使い方を紹介します。 GEO2Rを使って、2つ以上のグループの実験データを比較し、実験条件によって発現が異なる遺伝子を特定することができます。今回は、喫煙による口腔粘膜の遺伝子発現変化を調べた実験 (Effects of Cigarette Smoke on the Human Oral Mucosal Transcriptome: GSE17913を例に、それぞれのサンプルを発現量の差を調べたいグループに分け、検定の結果発現量に差が大きいとされた上位の遺伝子を表示したり、各統計量について解釈する方法について紹介します。 見どころダイジェ

TIDE: Tracking of Indels by DEcomposition は、CRISPR/Cas9、TALEN、ZFNなどのゲノム編集ツールによって生成された細胞集団内の小さな挿入欠失（Indel）の種類と頻度を推定する方法です (原著論文: Easy quantitative assessment of genome editing by sequence trace decomposition)。Netherlands Cancer Instituteのvan Steensel labが開発し、Rコード版とウェブツール版が提供されています。今回は、ウェブツール版を使って、ゲノム編集で生じたIndelを解析する方法について紹介します。サンプルデータとして、以下の論文中のデータを使用しています。(Genome-wide microhomologies enable precis

ImageJは、NIH(National Institutes of Health)が開発した画像解析フリーウェアです。本ツールを利用して、TIFF・JPEGなど多くの形で保存された画像の編集・解析を行うことができます。 ImageJは、個別のマシンにインストールして使用するソフトウェアですが、2020年10月に新たにウェブブラウザ上で動作するImageJ.JSが登場しました(Announcing ImageJ.JS: ImageJ running in the browser!)。 今回の動画では、このImageJ.JSを使って、①画像解析の基礎知識、②粒子解析の方法、③定形作業を自動化するマクロの使い方を紹介します。ImageJ.JSは現状ではGoogle ChromeとFirefoxでしかテストされておらず、他のブラウザでは正式に動かない可能性があるので注意してください。 見どころダ

本日の統合TVは、2008年2月28日に岩手大学にて開催されました第60回COEフォーラムの講演の模様をお伝えします。1時間半にも及ぶ長丁場だったため、3分割してお伝えする予定です。今回はその第1弾です。バイオインフォマティクスとは何か？から始まり、分野の歴史、ゲノム解析について講演しております。

本日の統合TVは、2020年12月23日に開催されたInfomics Career 勉強会 からライフサイエンス統合データベースセンター (DBCLS) 小野 浩雅 による「バイオインフォマティクス超入門! 統合TVを使い倒して必要なスキルを身につけよう!」をお送りします。約45分です。 11月にリニューアルされた「統合TV」の機能や使い方を実演を交え紹介します。バイオインフォマティクスを学ぼうとする初学者の方など各人が必要とするバイオインフォマティクスのスキルを身につけるための方法を知り、独習できるようになることを目指します。 講演スライドPDFはこちらからご覧いただけます。 見どころダイジェスト 01:24 1. 自己紹介 04:34 2. 統合TVの概要 08:44 3. 動画マニュアル 14:44 4. 個別動画ページ 19:16 5. 新設されたスキル別コース 24:56 6.

マイクロアレイ実験や次世代シーケンシング(NGS)などで得られた大量な遺伝子を扱う際に、どういう機能を持つ遺伝子が変化する傾向にあるかを知るエンリッチメント解析は非常に有用な解析手法です。 Metascapeは、ウェブ上でヒト・マウス・ラットのエンリッチメント解析ができるツールです。リストに含まれる遺伝子にどのような機能を持つものが多いか、クラスタリングなどによって直感的に分析することができます。IDリストのほかタイムコースなどの複数リストデータも使用可能で、複数リスト間のアノテーションについて差分を表示することもできます。 本動画ではMetascapeの基本的な使い方について、説明します。 見どころダイジェスト 00:43 1. Single listのエンリッチメント解析 01:26 2. ID conversion 01:51 3. Annotation 02:25 4. Mem