NCBI GEOのGEO2Rを使って公開されているマイクロアレイデータを解析する
NCBI GEO (Gene Expression Omnibus)はNCBIが提供・維持管理している遺伝子発現情報のデータベースです。GEOに登録されているマイクロアレイ実験のデータを、フリーのデータ解析環境 R をベースに解析できるツール GEO2Rの使い方を紹介します。 GEO2Rを使って、2つ以上のグループの実験データを比較し、実験条件によって発現が異なる遺伝子を特定することができます。今回は、喫煙による口腔粘膜の遺伝子発現変化を調べた実験 (Effects of Cigarette Smoke on the Human Oral Mucosal Transcriptome: GSE17913を例に、それぞれのサンプルを発現量の差を調べたいグループに分け、検定の結果発現量に差が大きいとされた上位の遺伝子を表示したり、各統計量について解釈する方法について紹介します。 見どころダイジェ
滝の音は 絶えて久しく なりぬれど 名こそ流れて なほ聞えけれ
【今回の歌】 大納言公任（55番） 『千載集』雑上・1035 滝の音は 絶えて久しく なりぬれど 名こそ流れて なほ聞こえけれ 名作というのは、いつまでも語り継がれ、歌い継がれるものです。それを作った本人が亡くなってしまっても、その作品と心は世の人々の間で生き続けます。百人一首も800年間生き続けた名作群ですが、今回はそれを象徴するような作品を紹介します。 現代語訳 滝の流れる水音は、聞こえなくなってからもうずいぶんになるけれども、その名声だけは流れ伝わって、今でも人々の口から聞こえていることだよ。 ことば 【滝の音は】 滝の流れ落ちる水音は 【絶えて久しくなりぬれど】 「ぬれ」は完了の助動詞「ぬ」の已然形で、「聞こえなくなって長くたつけれど」という意味を表しています。 【名こそ】 「名」は名声や評判のこと。「こそ」は強調の係助詞です。 【流れて】 流れ伝わって、という意味を表します。「流
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