まずは15日(学会としては初日) いわゆるplenary session。 リキッドバイオプシーの元祖の研究者(K Pantel)や免疫チェックポイント療法、癌の染色体異常の精細な解析 Jun Yasuda @jyasuda1 AACR、大きなconvention centerだが、昨日今日と土日で多くのレストラン(というかフードコート)がお休みで、食事難民が大量に発生中。今日は本格的な学会開始だったせいか、plenary sessionが終わったら廊下が渋谷の交差点状態に。 2018-04-16 02:56:10 Jun Yasuda @jyasuda1 それにしても昨今のliquid biopsyやがんの免疫療法の進歩は凄まじい。免疫療法が効きにくい卵巣がんの腫瘍ワクチンの開発に次世代シーケンサーでのゲノム変異の確認とそれによる抗原性のあるペプチドの推定など(実効性はさておき)意欲的な
グラフの相同性とか統計量とかの話で、cug.test という検定を後輩から教えてもらった。 sna パッケージでできる。 グラフ隣接行列からランダムな隣接行列を作りまくって分布を作成して、p値を計算するらしい。 グラフとしてはこんな感じで 検定は以下のようになる。transitivity を見ているので、ランダムに作るグラフのtransitivity よりかは小さいようである。 library(sna) library(igraph) g <- rguman(1,15,mut=0.25,asym=0.05,null=0.7) G <- graph_from_adjacency_matrix(g) test <- cug.test(g, gtrans, cmode="size") Univariate Conditional Uniform Graph Test Conditioning M
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