Vagrant を使って Bioconductor Devel の解析・開発環境をAWSに構築する
環境はOS Xです。 1. vagrant を dmg ダウンロードし、インストールする。 簡単。 http://www.vagrantup.com/ 2. vargrant をセットアップする aws にプロビジョニングできるプラグインをインストールする。 $ vagrant plugin install vagrant-aws AMIを起動するとは言え、ダミーの仮想マシンが必要。ちょっとわかりにくい。 $ vagrant box add dummy https://github.com/mitchellh/vagrant-aws/raw/master/dummy.box 3. Vagrantfile を作る Bioconductor 公式のBioC-Devel入りの AMI を利用する。リージョンはバージニアだけ。知る必要はないがアカウント名は root です。 まず適当なディレクトリ
Arvados Homepage
2022-10-05: Latest blog post Scientific Workflow and Data Management with the Arvados Platform 2023-12-12: Arvados 2.7.1 released! Arvados Unified Data and Workflow Management Arvados is a modern open source platform for managing and processing large biomedical data. By combining robust data and workflow management capabilities in a single platform, Arvados can organize and analyze petabytes of da
Application Process - Bioinformatics.ca
Learn about the application process and apply to one or more upcoming workshops. About the Workshops The CBW recognizes the need to gain advanced training in bioinformatics and advance research. Admission to our workshops is very competitive – review committees appointed for each individual workshop determine student selection. Attendance is limited to 30 students per onsite workshop and 40 studen
ChIP-seq データ解析の講義をしたので資料公開するよ
JSBi共催「Rでつなぐ次世代オミックス情報統合解析研究会」で「R + Bioconductor を使った ChIP-seq データ解析の基礎」という講義を担当してきました。主に ChIP-seq 解析の流れを簡単に示し、パイプラインについて説明しました。Peak calling や mapping などの情報が比較的入手しやすいステップよりも、アノテーションや、モチーフ解析や異なる ChIP-seq データ比較などの高次解析の部分を多く取り上げています。 最初は20-30人程度のハンズオンセミナーというオファーでしたが、100人を越える参加者が集まりました。なのでハンズオンはできなかったのですが、概要を掴んでもらえるよう心がけました。ほかの演者の方の発表に関しても発見や気付きがあったので自分の研究にも役に立ちそうです。質疑や懇親会も非常に盛り上がりとても有意義な会でした。 ChIP-se
RNA-Seq Transcript De novo Assembly and Quantification using SAMMate
5/11/2013 assemblySAM 1.1 is released. 11/10/2012 SAMMate 2.7.4 is released. 10/10/2012 SAMMate 2.7.3 is released. 8/9/2012 SAMMate 2.7.2 is released. Introduction SAMMate is an open source GUI software suite to process RNA-Seq data. It is composed of two modules: assemblySAM and SAMMate. assemblySAM employs a novel method to localize and assemble RNA-seq reads into RNA transcript sequences. The i
Unipro UGENE - Integrated Bioinformatics Tools
Okonechnikov K, Golosova O, Fursov M, the UGENE team. Unipro UGENE: a unified bioinformatics toolkit . Bioinformatics 2012 28: 1166-1167. doi:10.1093/bioinformatics/bts091 Golosova O, Henderson R, Vaskin Y, Gabrielian A, Grekhov G, Nagarajan V, Oler AJ, Quiñones M, Hurt D, Fursov M, Huyen Y. Unipro UGENE NGS pipelines and components for variant calling, RNA-seq and ChIP-seq data analyses. PeerJ 20
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Microsoft Biology Initiative invites participants to workshop at RENCI | Renaissance Computing Institute
Microsoft Biology Initiative invites participants to workshop at RENCI The Microsoft Biology Initiative will hold a two-day workshop on the Microsoft Biology Foundation (MBF), an open source Microsoft .NET library and application programming interface for bioinformatics research, April 19 and 20. The workshop will take place at RENCI (Renaissance Computing Institute), 100 Europa Drive, Suite 540,
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Lecture 7: Affymetrix, R, and BioConductor
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