PyCharm 2016.3 Build #PY-163.8233.8, built on November 22, 2016 JRE: 1.8.0_112-release-408-b2 x86_64 JVM: OpenJDK 64-Bit Server VM by JetBrains s.r.o 参考記事実行スクリプト1行目に書かれているbashの「-login」は何? - ITmedia エンタープライズ How to work with embedded terminal in PyCharm. 対処方法How to work with embedded terminal in PyCharm. を見ると書いてあるんですが、ログインユーザーの.bashprofile を読んでないのが原因でした。 以下設定を確認して、Shell path を /bin/bash -login -i に