GitHub - google-deepmind/alphafold: Open source code for AlphaFold.
This package provides an implementation of the inference pipeline of AlphaFold v2. For simplicity, we refer to this model as AlphaFold throughout the rest of this document. We also provide: An implementation of AlphaFold-Multimer. This represents a work in progress and AlphaFold-Multimer isn't expected to be as stable as our monomer AlphaFold system. Read the guide for how to upgrade and update co
PFN の Kubernetes クラスタにおける Uninterruptible Sleep との付き合い方 - Preferred Networks Research & Development
Preferred Networks エンジニアの坂田です。普段は社内向けの GPU サーバークラスタの運用管理の業務などをやっております。 先日、DevOpsDays Tokyo 2021 というイベントで、弊社 須田と一緒に PFN が Kubernetes を使って GPU クラスタを運用する中で経験してきた障害とその対応の自動化や、Kubernetes クラスタそのものの管理・アップグレードの自動化の取り組みについてご紹介しました。 SlideShare: PFNのML/DL基盤を支えるKubernetesにおける自動化 / DevOpsDays Tokyo 2021 本エントリでは、その中でご紹介した障害の事例の中から、コーナーケースとして対応に悩まされた Uninterruptible Sleep という状態に入ったプロセスの扱いについてご紹介します。 はじめに PFN のクラ
AppleのM1チップ対応「Docker Desktop」プレビュー版が登場、WSL2のGPU対応も
Docker社は、WindowsやMac上に簡単にDockerコンテナ環境を導入できる「Docker Desktop」のAppleのM1チップ対応と、WindowsのWSL 2（Windows Subsystem for Linux 2）におけるGPU対応をそれぞれ実現したプレビュー版のリリースを明らかにしました。 プレビュー版は、今回発表された「Docker Developer Preview Program」に申し込むことで、誰でも入手可能です。 In addition, today we’re opening up our Docker Developer Preview Program more widely. Help shape & improve the experience for millions of #Docker users by becoming a member
Windows 10にはコンテナーがいっぱい (1/2)
「コンテナーがいっぱい」と聞くと、なんだか港の風景を思い出してしまうが、Windowsにもコンテナーが複数ある。コンテナーとは、アプリケーションの独立した実行環境とそこで動作するソフトウェアや設定などをファイル化して実行させるもの。あらかじめコンテナーを作っておけば、あとはそれを組み合わせてシステムを構築できるわけだ。 仮想マシン環境に似ているが、コンテナー自体にはOSは含まれないし、必ずしも仮想マシン支援機能を前提としているためでもない。そもそもコンテナーが普及した1つの理由は、仮想マシンにつきもののオーバーヘッドや長い起動時間、大量のメモリー消費といった問題がないため。コンテナーは、特定のハードウェアに縛られることなく実行でき、システムを複数のコンテナーで構築することも可能であり、このとき仮想マシンに比べて実行オーバーヘッドの低いコンテナーは魅力的だったのだ Windows 10Xには
NVIDIA Container Toolkit を使って Docker コンテナで GPU を使う - CUBE SUGAR CONTAINER
今回は NVIDIA Container Toolkit を使って Docker コンテナから Docker ホストの GPU を使う方法について書く。 これまで Docker コンテナで GPU を使う方法は、nvidia-docker と nvidia-docker2 という二つの世代を経てきた。 それも、ここに来てやっと一息ついたかな、という印象がある。 GPU の基本的なサポートが Docker 本体側に取り込まれて (v19.03 以降)、GPU ベンダーはそのドライバを提供する形に落ち着いた。 そして、従来の nvidia-docker2 は非推奨 (Deprecated) な方法となっている。 なお、GPU ベンダーがドライバを提供する、と前述した通り NVIDIA のリソースが一切不要になったわけではない。 そのため、インストール手順やインターフェースの使い勝手という観点で
The Windows Subsystem for Linux BUILD 2020 Summary
This year at an all virtual BUILD conference we had many exciting announcements for the Windows Subsystem for Linux (WSL)! This blog post gives you a summary of all the WSL news, including what’s available now and what you can expect in the future. WSL’s BUILD news at a glance Available this month Support for WSL 2 distros is coming this month in the Windows 10 May 2020 Update Docker Desktop relea
［速報］WSL 2が正式版に到達。今後はLinuxのGUIアプリへも対応すると。Microsoft Build 2020
オンラインイベント「Microsoft Build 2020」を開催中のマイクロソフトは、「Windows Subsystem for Linux 2」（WSL 2）の正式リリースを発表しました。 WSL 2は、Windows 10でLinux互換機能を提供するWSLの次期バージョンです。 現行のWSLがLinuxカーネルシステムコールをWindowsカーネルシステムコールに変換するという実装で互換機能を提供するという仕組みなのに対し、WSLではこれを刷新。Windows 10内部に用意した軽量な仮想マシン内で本物のLinuxカーネルを実行することで、より高い性能と互換性を実現しています。 これによりLinuxコンテナなどもWSL 2で実行可能になります。実際、Docker社はWSL2に最適化したDocker Desktopをリリース予定です。 WSL 2は今月中にリリース予定のWindo
Docker 19.03新機能 (root権限不要化、GPU対応強化、CLIプラグイン…)
NTTの須田です。2019年7月23日に公開された、Docker 19.03の新機能をお伝えします。2018年11月8日にリリースされたDocker 18.09以来、8ヶ月ぶりのリリースです。 root権限不要化従来のDockerは、ホストのroot権限でデーモン(dockerd)を動作させる必要があったため、脆弱性や設定ミスを突かれると、ホストのroot権限を奪われる恐れがありました。 Docker 19.03では、非rootユーザでデーモンを実行できるようになりました(Rootlessモード)。 Rootlessモードを有効化することで、万一Dockerに脆弱性や設定ミスがあっても、攻撃者にホストのroot権限を奪取されることを防ぐことが出来ます。ただし、現時点ではcgroupを利用できないなどの制約があります。 RootlessモードのDockerは， curl -fsSL http
Dockerを使ってGPUも使える分析環境を構築してみた - のんびりしているエンジニアの日記
皆さんこんにちは お元気ですか。Kaggle Meetup面白かったです！またあいましょう。 今日はDockerを使った分析環境構築の話をしようと思います。 Dockerを使って何を作ろうかと思ったら、分析環境さっさと作りたい・・・ cudnn等の更新が面倒であることが思い浮かびました。 なんとなく、Dockerを使えば解消できるのではないかといったことを思いつき遊んでみました。 Dockerとは Dockerはコードやシステムライブラリ、システムで利用するのを実行するために 必要な全てが含まれているものをラップするソフトウェアらしい。 OS上で仮想環境を立ち上げ、ソフトウェアなどの実行ができます。 www.docker.com Dockerのメリット 公式サイトによれば、次のとおりです。 階層化されたファイルシステムから構築されるので、ディスクやイメージが効率的 DockerコンテナはL
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