soh3914のブックマーク / 2013年8月26日

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2013年8月26日のブックマーク (8件)

The openCOBRA Project
soh3914 2013/08/26
simulation
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Pathway Tools Workshop at SRI International, Menlo Park, California
soh3914 2013/08/26
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GXP : Grid and Cluster Shell
NEWS † 2007.10.25 : 3.01 released (ChangeLog) 2008.7.10 : GXP now hosted by sourceforge 2008.7.10 : 3.02 released from sourceforge 2008.8.1 : 3.03 released from sourceforge 2009.3.19 : 3.05 released from sourceforge 2009.6.7 : 3.06 released from sourceforge 2010.12.8 : talk slide and demo at e-Science 2010 conference 2010.12.8 : workflow applications in GXP make GXP is a parallel shell tool that c
soh3914 2013/08/26
cluster
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Yahoo!JAPAN YMDI 未来予知アワード2013 アイデアソン
Yahoo!JAPAN YMDI 未来予知アワード2013アイデアソン。9/21～23の3日間。参加は高校生以上から可能、オールジャパンで未来を予知するアイデアソンです。予知（ prediction ）とは、前兆をつかんで警告すること。 IT 技術とビッグデータで、どこまでの予知が可能なのか、どのようなサービスが今後の世界に求められるのか、石巻で一緒に考えませんか？豪華ゲストによる、インフォグラフィックやゲノム、占星術などに関する基調講演なども行われる予定です。 Yahoo!JAPANからも、発想の元となるビッグデータを提供します。参加は高校生以上から可能、オールジャパンで未来を予知するアイデアソンです。
soh3914 2013/08/26
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ゲノマーと情報科学について(続き)
Masahiro Kasahara @mkasahara .@taroleo TL を見るに、パーソナルゲノムとか Illumina とか全ゲノムシークエンシングとかをビッグデータ的に話して、情報な人が、ACGTをテキストで使うとかどんだけ無駄、とか、シェルスクリプトで数百TBのデータ処理してるとか草不可避、みたいな流れだったくさい。 2013-08-26 13:14:16
soh3914 2013/08/26
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バイオと情報科学の関係について
Masahiro Kasahara @mkasahara @hikita @dmikurube ちょっと煽って言うなら「ゲノムの問題を理解して処理効率の良いプログラムを書ける人を雇うコスト＞＞＞プログラムなど書いたこと無いバイオの人に Perl で100倍遅いプログラムを書いて貰って実行するコスト」 2013-08-25 17:05:25 Masahiro Kasahara @mkasahara @hikita @dmikurube というか、そもそもゲノムの問題を理解してくれる人が希少なので、Google に行くようなハイレベル人材じゃぜんぜんなくていいのです。TopCoderで言えば青コーダーぐらいでいい。この業界、青コーダーならトップ2-3%ぐらいだと思う。 2013-08-25 17:10:34
soh3914 2013/08/26
笠原さんの指摘など
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soh3914 2013/08/26
parallel implementation of NCBI BLAST
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Data orientation - Wikipedia
Data orientation refers to how tabular data is represented in a linear memory model such as in-disk or in-memory.The two most common representations are column-oriented (columnar format) and row-oriented (row format).[1][2] The choice of data orientation is a trade-off and a architectural decision in databases, query engines, and numerical simulations.[1] As a result of these tradeoffs, row-orient
soh3914 2013/08/26
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