Variant calling using SAMtools - Bioinformatics Team (BioITeam) at the University of Texas - UT Austin Wikis
We are going to conduct the variant calling exercises in an interactive idev session just so you can get a feel for this mode of computing. Almost everything you see here can easily be bundled up into batch scripts and run in that mode. Introduction Variant calling, at first glance, is pretty simple: Map sequence reads to an appropriate reference, emitting BAM files; Generate pileups and look for
Annovar を使ってみる（マウス編） - Hacchy’ Blog
え！？今まで使ったことないの？と言われてしまいそうであるが，そう，使ったことがなかったのだ。だって，多型解析やるの初めてなのですもの。実は。 ということで，Annovar を初めて使ってみた。ウェブページを読みつつ，作業工程を書いてみることにする。 0.1: Annovar のダウンロード $ wget http://www.openbioinformatics.org/annovar/download/annovar.latest.tar.gz ... $ tar zxvf annovar.latest.tar.gz $ ls annotate_variation.pl* example/ summarize_annovar.pl* auto_annovar.pl* humandb/ convert2annovar.pl* retrieve_seq_from_fasta.pl* ダウンロ
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私たちのクライアント 1700 か国以上の 100 を超える企業に洞察を提供します。 当社は 2014 年の設立以来、完全な収益で資金提供されている組織です。これまでに、1700 を超える業界の 20 を超える企業と提携し、3,500 を超えるプロジェクトで正確なデータと実用的な洞察を提供してきました。 当社の専門分野に特化した調査専門家チームは継続的に市場を追跡し、高品質の市場インテリジェンスを通じてお客様に競争力を提供します。 クライアントを表示する 私たちに関しては Exactitude Consultancy は、クライアントが最も差し迫った戦略的およびビジネス上の課題に対処できるよう支援する市場調査およびコンサルティング サービス会社です。 当社の市場調査は、クライアントが重要なビジネス課題に対処するのに役立ち、事実に基づいた調査洞察、市場インテリジェンス、正確なデータを活用して
ゲノム可視化に関するR+Bioconductorのパッケージ
From Evernote: ゲノム可視化に関するR+Bioconductorのパッケージ 個々のツールにも可視化の機能があるが、ここではゲノムの可視化を専門とし、特定のアプリケーション(RNA-seq, ChIP-seq, microarray, CNV など) に依存せずに、汎用的に活用できるパッケージを紹介する。 GenomeGraphs Plotting genomic information from Ensembl http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/GenomeGraphs.html 既知のゲノム・遺伝子構造などを Ensembl biomart から biomaRt を使って取ってきて、いろいろなプロットできる。もちろん自分の実験データ(シーケンスや microarray など)のプロットもできる。
Babraham Bioinformatics - FastQC A Quality Control tool for High Throughput Sequence Data
View our tutorial video FastQC aims to provide a simple way to do some quality control checks on raw sequence data coming from high throughput sequencing pipelines. It provides a modular set of analyses which you can use to give a quick impression of whether your data has any problems of which you should be aware before doing any further analysis. The main functions of FastQC are Import of data fr
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Differential expression with splice variant analysis aug2012 - Bioinformatics Team (BioITeam) at the University of Texas - University Wiki Service
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Whole Exome Sequencing Analysis Pipeline - Mood Disorders Analytical Wiki
機能ゲノム学（第6回）
Bowtie: Tutorial
Bowtieのコマンド入力の仕方 - #LSQA