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統合失調症「思春期までに対処」の研究成果 NHKニュース
統合失調症は、脳の発達が思春期までに損なわれると、それ以後と比べて発症しやすくなるとする研究成果を、東北大学のグループがまとめ、調査に当たった研究者は「発症のおそれのある子どもには思春期までに対処することが重要だ」と指摘しています。 東北大学大学院医学系研究科の大隅典子教授らの研究グループは、脳の発達を損なう薬をマウスに投与して、音に対する反応を調べました。 小さな音を聞かせたあとに大きな音を聞かせる実験では、人の１５歳以上に当たる生後６週間を過ぎたマウスは、いきなり大きな音を聞かせた場合よりも音への驚きが軽減されました。 一方、生後６週間までのマウスは驚きが軽減されず、統合失調症に特有の音に対する敏感な反応を示したということです。 統合失調症は遺伝的な要因や心理的なストレスなどが原因で発症すると考えられていますが、研究グループは、この実験から、脳の発達が思春期までに損なわれると発症しやす
ランダー・グリーン・アルゴリズム（７） - aggren0xの日記
隠れマルコフモデル 隠れマルコフモデルについて、細かいところ(本質だけど)はぶっとばして、実装上のポイントだけ述べます。 隠れマルコフモデルは、時系列のように、状態が徐々に変化していくようなもの、確率過程について、実際には観察されないデータ「隠れ変数hidden variable」を仮定することで推定を回しやすくしたものです（あってる？）。 「マルコフ」過程であるとは、ある状態が、一つ前の状態によって完全に説明され、過去の振る舞いは関係ないようなものです。 具体的にはこのようなモデルです。 隠れ変数の初期状態を決める。隠れ変数は観察されたデータでないのだからいろいろな可能性があり、それは確率的に表される。 ある状態から別の状態へ変化する時の確率を与える。これは移行確率transition probabilityと呼ばれる。 それぞれの過程において、隠れ変数によって表されている状態から、どの
ランダー・グリーン・アルゴリズム（６） - aggren0xの日記
ついにランダー・グリーン・アルゴリズムの説明に入るぞ！ 全般的なアイデア 1980年代後半に至るまでの間に、エルストン・スチュワート・アルゴリズムが開発され、それを実装したプログラムが無料で配布されるようになり、数々の連鎖解析が主に欧米で行われました。このアルゴリズムの基本的なアイデアは、下に示すように、与えられた家系において、それぞれの人においてありうる遺伝型の組み合わせをあげていき、人について掛け合わせていくというものです。これをパラメータ、具体的には組み換え価のもとに表し、この観察データを与える可能性が最も高いパラメータをもって「最尤推定量」とします。 それぞれの個体において、可能な遺伝的座位の組み合わせが、各座位において可能な状態の、座位数乗になります。 このアルゴリズムが人数について線形、座位数について指数的であったため、1980年代にDNA研究が爆発的に進展し（PCRの発見がこ
ランダー・グリーン・アルゴリズム（５） - aggren0xの日記
こういうのはですね、途中で間をあけると飽きて終わりになっちゃうのでですね、書ききってしまおうかと。 エルストン・スチュワート・アルゴリズム ランダー・グリーン・アルゴリズムの前段階である、エルストン・スチュワート・アルゴリズム*1について説明します。 前回、全家系の尤度を得ました。 しかしこれは、各個人すべての可能な遺伝型について全ての組み合わせを見ており、大変なだけではなく無駄があります。これを、ループのない（近親婚のない）家系においては情報量を失わずに計算量を大幅に減らすのがエルストン・スチュワート・アルゴリズムです。peeling algorithmとも呼ばれます。 この図の家系で考えてみます。 この図について、前回ご紹介した尤度を用いると次のような計算になります。 総当りしてるわけですね。大学入試の確率の問題を力技で解く要領です。式の改行は私の環境に合わせてやりました。 ここで、和
ランダー・グリーン・アルゴリズム（４） - aggren0xの日記
小沢新党なみの純化路線をたどっているブクマ数が気になる！ 家系の尤度 家系の「尤度（ゆうど、likelihood）」というお話です。 まずは「尤度」について説明しようと思って色々書いたり消したりしていたのですがとりあえずこっち見てもらったほうが速いのかもと思います。http://www.genstat.net/statistics.html というか遺伝関連もそっち見てもらったほうが速いかもしれませんが・・・ さて、そういうわけなので、われわれは今、何らかの観察データがある元で、組換え価やら何やらのパラメータ推定をして最終的に遺伝的マッピングをするというランダー・グリーン・アルゴリズムに辿り着こうと努力していますので、ここでお話しているのは尤度に関してのことであります。めんどくさければ尤度という言葉は頭のなかで「確率」に置き換えても、実践上はそんなに問題がないような、いや、あるそうです。頑
ランダー・グリーン・アルゴリズム（３） - aggren0xの日記
あと3歩くらいでたどり着きそうかも・・・ 遺伝型の相（フェイズ） 前々回、遺伝型について説明しました。これはヒトのもつ二つの染色体上のアレルを組み合わせたもので、遺伝的データのうち病気などといった表現型へと直接的な関連を示すもので、浸透度モデルに組み込まれていることを前回お話しています。常染色体上にある場合、ペアの染色体に優劣はなく、これは順序を入れ替えても特に意味の変わらない組み合わせです。例えば、ABO遺伝子座上のABO*AアレルとABO*Bアレルからなる、AB型という血液型とBA型という血液型・・・という違いは特にありません。 ところが、家系データにおいては意味が発生します。父親由来のアレルと母親由来のアレルに分けることができるからです。これをする意味は、これをすると家系データにおいてアレルの流れ（gene flow）がわかるということです。由来親をたどっていけばいいわけですから。さ
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【写真】長野で撮影された桜と雪のコラボレーションが話題に！！！！息をのむほど美しい…