蛍光アプリケーション ～milestone
蛍光アプリケーション ～milestone 皆様にご愛顧いただきました蛍光アプリケーション～milestoneは2004年12月をもって一旦終了させていただきました。今後、新たな企画としてもう一度にお目にかかることを祈りつつ、これまでのご愛読に感謝いたします。 『全ての道はローマに通じる』という言葉で有名な古代ローマ帝国の街道には1マイルごとに目印になる石碑が置かれていました。この石碑がmilestoneの語源です。コンパスもカーナビも無い時代には、そこに石碑があるだけで多くの旅人に安心感をもたらせたことでしょう。研究という皆様の旅の道中、少しでもお役に立てるようなものを作りたいと願いまして、この連載をmilestoneと名付けました。
Natureによる2014年のサイエンスのちょっとした予想 - Pursuing Big Oceans
2014年、ブログへの初エントリー。ブログ初めということで2014年の予想話でもしようと思う。といっても、2014年のサイエンスにおける予想をNature誌が載せていたので、それを翻訳しつつ、自分の感想を加えて書く程度のこと。元の記事は以下になるので、詳しく読みたい方はどうぞ。 → What to expect in 2014 : Nature News & Comment 遺伝子改変サル 慶応大学の岡野栄之教授のグループ（参考）を含む、いくつかのグループが免疫系や脳の疾患を持つ遺伝子改変サルの作成を目指しているとのこと。最初のキメラ猿の報告がたった2年前にCellに出たもの（参考）なので、次の段階の論文が出るのは時期尚早な気がするが、疾患解析を目的とした遺伝子改変サルの作成は、間違いなく世界の何処かで進行中だろう。 倫理的な問題をはらんでいるが、マウスよりもサルの方が近縁のため、人間の疾
ゲノマーと情報科学について(続き)
Masahiro Kasahara @mkasahara .@taroleo TL を見るに、パーソナルゲノムとか Illumina とか全ゲノムシークエンシングとかをビッグデータ的に話して、情報な人が、ACGTをテキストで使うとかどんだけ無駄、とか、シェルスクリプトで数百TBのデータ処理してるとか草不可避、みたいな流れだったくさい。 2013-08-26 13:14:16
バイオと情報科学の関係について
Masahiro Kasahara @mkasahara @hikita @dmikurube ちょっと煽って言うなら「ゲノムの問題を理解して処理効率の良いプログラムを書ける人を雇うコスト＞＞＞プログラムなど書いたこと無いバイオの人に Perl で100倍遅いプログラムを書いて貰って実行するコスト」 2013-08-25 17:05:25 Masahiro Kasahara @mkasahara @hikita @dmikurube というか、そもそもゲノムの問題を理解してくれる人が希少なので、Google に行くようなハイレベル人材じゃぜんぜんなくていいのです。TopCoderで言えば青コーダーぐらいでいい。この業界、青コーダーならトップ2-3%ぐらいだと思う。 2013-08-25 17:10:34
東大、稲穂にできるコメ粒の数を決定する遺伝子「TAWAWA1」を発見 （マイナビニュース） - Yahoo!ニュース
東大、稲穂にできるコメ粒の数を決定する遺伝子「TAWAWA1」を発見 マイナビニュース 12月27日(木)16時10分配信 東京大学(東大)は、稲穂にできるコメ粒の数を決定する遺伝子を発見し、「TAWAWA1」と命名したことを発表した。 同成果は、日本学術振興会の吉田明希子 特別研究員PD、東京大学大学院農学生命科学研究科生産・環境生物学専攻 修士課程の笹尾真史氏(当時)、同 安野奈緒子 特任研究員、同 大門靖史 特任研究員、同 Ruihong Chen 特別研究学生、同 山崎諒 特任研究員、同 徳永浩樹 特任研究員、同大学農学部 応用生物学専修の北口善教 氏(当時)、同大大学院農学生命科学研究科生産・環境生物学専攻の経塚淳子 准教授、岡山大学 資源植物科学研究所の前川雅彦教授らによるもの。詳細は「米国科学アカデミー紀要(Proceeding of the National Academ
人間はみなバグだらけ。完璧な人間なんていないことが遺伝子解析で証明される
人間はみなバグだらけ。完璧な人間なんていないことが遺伝子解析で証明される2012.12.26 12:3015,919 satomi ｢完璧な人間なんかいないさ｣と人を慰めることありますけど、あれって本当だったのね！ 英ケンブリッジ大学が179人のヒトゲノムを解読してみたら、本当に完璧な人間がひとりもいないことがわかりました！ DNAには欠陥があって無害なものもあれば病気となって現れる場合もある...というのはみなさんもご存知だと思いますが、｢平均的な人間はどれぐらいの欠陥を持ってるものなのか？｣という部分はこれまで曖昧なままでした。 ケンブリッジ大学のクリス・タイラー-スミス（Chris Tyler-Smith）博士はNPR放送にこう話してます。 ｢これは非常に面白い問題ですね。長年、間接的なアプローチによる推定の試みはなされてきました。重病が絡む変異体の推定数は、ほんの一握りしかないとい
aggren0xの日記
「この研究分野では二つのセクトが戦っている。ひとつは聖シーウォルから日本人への手紙の信奉者で、こう信じている：必ずしも速い者が競争に勝つのではなく、強い者が戦いに勝つのでもない。しかし時と災難はすべての人に臨む。もう一つの宗派は聖ロナルドの門弟たちで、次のように信じる：招かれる者は多いが、選ばれる者は少ない」 前半は旧約聖書「伝道の書」9:12、後半は新約「マタイによる福音書」。 www.nature.com こんな記事があった。インテレクチュアル・ダーク・ウェブというのがあるのだそうだ。 https://gendai.ismedia.jp/articles/-/59351 これを呼んで、ふと、論文を紹介したいと思った。これらは強烈な研究成果である、と、私は思っているのだが。日本国内的には特に注目はされていないように思う。 これらは科学雑誌としては、昨年度に公開された結果である。 2018
バイオ系研究室PC管理担当のメモ
ブログの場所を下記に移しました。 http://yfuruta.sakura.ne.jp/blog/
SEQanswers - SEQwiki
Welcome to the SEQanswers wiki! The forum works great for discussions, but not for collaborative editing of resources, hence SEQanswers wiki (SEQwiki). Go to: Software Hub The place to add to, edit or browse the software database on SEQwiki. Service Providers Browse or edit the list of NGS service facilities. How-to Hub Mini reviews for the most used tools broken down by common tasks. Developer
統計・データ解析
『Rで楽しむ統計』が出ました。サポートページ 『Rで楽しむベイズ統計入門』が出ました。サポートページ，第7章のRコードをStanで書き直したRで楽しむStan 全国学力・学習状況調査の個票の疑似データがこちらで公開されています。データ分析の練習に使えそうです。SSDSE（教育用標準データセット）も。 R 4.x では stringsAsFactors=FALSE がデフォルトになりましたが，本サイトの古い記事ではそうなっていないところがあるかもしれません（read.csv() などで as.is=TRUE は不要になります（あってもかまいませんが））。 R 4.2 ではWindowsでもMac同様UTF-8がデフォルトになりました。もう fileEncoding オプションに "UTF-8"，"UTF-8-BOM" を指定する必要はなくなりそうです。一方で、SJIS（CP932）データの場
米Illumina社、スイスRoche社の買収提案は過小評価と拒否
米Illumina社は2012年2月7日、スイスRoche社による敵対的買収提案に対して「当社の企業価値を過小評価している」と同社の取締役会が本敵対的買収提案を全員一致で拒否したことを発表した。 この記事は有料会員限定です 会員の方はこちら ログイン 2週間の無料トライアルもOK！ 購読に関するご案内 ※無料トライアルのお申し込みは法人に限ります。（学生や個人の方はご利用いただけません）
【解説】スイスRoche社の米Illumina社に対する買収の行方
スイスRoche社は2012年1月24日、米国最大の新興企業向け市場Nasdaqに株式上場する米Illumina社に対して公開買い付けすると発表した。 この記事は有料会員限定です 会員の方はこちら ログイン 2週間の無料トライアルもOK！ 購読に関するご案内 ※無料トライアルのお申し込みは法人に限ります。（学生や個人の方はご利用いただけません）
パックマンの挑戦 － PacBioシークエンサー
PacBioシークエンサーONLYの日本で唯一のブログ 2012年1月～今 PacBio以外のことも書いてます。最近は非モデル生物系がマイブーム 今日はお酒の話。みなさんはお酒飲みますか？飲むとしたら何が好きですか？ ビール、ワイン、日本酒、焼酎、泡盛、ウイスキー、カクテル、ハイボール、、、 私はビールはスタウト以外なら何でも。ワインは詳しくないけど甘すぎなければ何でも。日本酒はこだわりないけど甘くないやつなら何でも。焼酎はお湯割りが合うなら何でも。泡盛はサンエーに売っているようなお手頃なものしか飲んだことないけど、今のところ何でも。 基本だいたい何でもいけますが、これも前の会社、トミーデジタルバイオロジーにいたおかげです。いい意味で（重要）。 でもウイスキー飲めるようになったのは比較的最近です。海外のひとと飲むと途中からウイスキーになることがあるんですが、彼ら薄めないんですよね。基本ス
ショートリードの憂鬱 - 次世代シーケンサー
第2世代高速シーケンサー（Illumina, SOLiD, 454）とそのアプリケーションについて。 できるだけ最新に近いことと、トレンド、面白いと思った論文やアプリケーションを書いています。シーケンサーに興味のあるひとは是非覗いていってください。 コメントも大歓迎です。 一分子シーケンサー PacBioについては、姉妹ブログ「パックマンの挑戦 http://pacbiobrothers.blogspot.com/ 」 を、10X Genomicsについては「くろみうんの冒険」を覗いてみてください！ 2020年のイルミナ新製品は、NextSeq1000・2000でしたか。 そうですかー、ミドルサイズのシークエンサーをバージョンアップしたんですね。 私は正直、もっとハイエンドのクラスを行ってくるかと思っていたのですが、ベンチトップクラスを狙ってくるとは。でも、だんだんと種類が増えてきて、エ
GIBCO/ インビトロジェン
直接検索する SKU（製品番号/カタログ番号）が判明している場合は、その番号を入力のうえ「検索する」ボタンを押してください。 検索する 該当する製品が見つかった場合、製品のページへ直接遷移し、そのページから製品をご購入いただけます。 該当する製品がない場合、そのSKU（製品番号/カタログ番号）に近い製品のリストが一覧で表示されます。
1
リリース、障害情報などのサービスのお知らせ
最新の人気エントリーの配信
j次のブックマーク
k前のブックマーク
lあとで読む
eコメント一覧を開く
oページを開く
AOE: 登録データ件数ランキング