バイオと情報科学の関係について
Masahiro Kasahara @mkasahara @hikita @dmikurube ちょっと煽って言うなら「ゲノムの問題を理解して処理効率の良いプログラムを書ける人を雇うコスト＞＞＞プログラムなど書いたこと無いバイオの人に Perl で100倍遅いプログラムを書いて貰って実行するコスト」 2013-08-25 17:05:25 Masahiro Kasahara @mkasahara @hikita @dmikurube というか、そもそもゲノムの問題を理解してくれる人が希少なので、Google に行くようなハイレベル人材じゃぜんぜんなくていいのです。TopCoderで言えば青コーダーぐらいでいい。この業界、青コーダーならトップ2-3%ぐらいだと思う。 2013-08-25 17:10:34
東大、稲穂にできるコメ粒の数を決定する遺伝子「TAWAWA1」を発見 （マイナビニュース） - Yahoo!ニュース
東大、稲穂にできるコメ粒の数を決定する遺伝子「TAWAWA1」を発見 マイナビニュース 12月27日(木)16時10分配信 東京大学(東大)は、稲穂にできるコメ粒の数を決定する遺伝子を発見し、「TAWAWA1」と命名したことを発表した。 同成果は、日本学術振興会の吉田明希子 特別研究員PD、東京大学大学院農学生命科学研究科生産・環境生物学専攻 修士課程の笹尾真史氏(当時)、同 安野奈緒子 特任研究員、同 大門靖史 特任研究員、同 Ruihong Chen 特別研究学生、同 山崎諒 特任研究員、同 徳永浩樹 特任研究員、同大学農学部 応用生物学専修の北口善教 氏(当時)、同大大学院農学生命科学研究科生産・環境生物学専攻の経塚淳子 准教授、岡山大学 資源植物科学研究所の前川雅彦教授らによるもの。詳細は「米国科学アカデミー紀要(Proceeding of the National Academ
人間はみなバグだらけ。完璧な人間なんていないことが遺伝子解析で証明される
人間はみなバグだらけ。完璧な人間なんていないことが遺伝子解析で証明される2012.12.26 12:3015,919 satomi ｢完璧な人間なんかいないさ｣と人を慰めることありますけど、あれって本当だったのね！ 英ケンブリッジ大学が179人のヒトゲノムを解読してみたら、本当に完璧な人間がひとりもいないことがわかりました！ DNAには欠陥があって無害なものもあれば病気となって現れる場合もある...というのはみなさんもご存知だと思いますが、｢平均的な人間はどれぐらいの欠陥を持ってるものなのか？｣という部分はこれまで曖昧なままでした。 ケンブリッジ大学のクリス・タイラー-スミス（Chris Tyler-Smith）博士はNPR放送にこう話してます。 ｢これは非常に面白い問題ですね。長年、間接的なアプローチによる推定の試みはなされてきました。重病が絡む変異体の推定数は、ほんの一握りしかないとい
RNA-seq Analysis With R/Bioconductor - The Cat Way
RとBioconductorでNGS解析: 2限 RNA-seq データ解析 はじめに この文章は統合データベース講習会：AJACSみちのく2「RとBioconductorを使ったNGS解析」2限目「RNA-seq データ解析」の講義資料です。 この文章の著作権は二階堂愛にあります。ファイルのダウンロード、印刷、複製、大量の印刷は自由におこなってよいです。企業、アカデミアに関わらず講義や勉強会で配布してもよいです。ただし販売したり営利目的の集まりで使用してはいけません。ここで許可した行為について二階堂愛に連絡や報告する必要はありません。常に最新版を配布したいのでネット上での再配布や転載は禁止します。ネット上でのリンクはご自由にどうぞ。内容についての問い合わせはお気軽にメールしてください。 対象 ここでは、Rの基礎知識がある人を対象に、RとBioconductor を使った RNA-seq
リアルタイムPCRアッセイ | Thermo Fisher Scientific - JP
お盆期間の製品発送について 下記期間中のオンラインオーダー製品のお届けはございません。 2024年8月13日（火）～2024年8月16日（金） ※受注完了メールの出荷予定日は自動で算出されておりますので、この期間中は通常より納期を要する場合がございます。 ※配送停止期間中で納品希望日がございましたらご注文時にご連絡ください。なお、状況によりましてはご希望に添えない場合もございますのでご了承ください。 ※ご注文済み製品の納期につきましては、受注伝票番号をご記載の上 jp.admin@thermofisher.com までお問い合せください。 オンラインオーダーアカウントについて 一定期間ご利用がないThermofisher.comアカウントにつきましては、ご利用できなくなる場合があります。 お客さまのアカウントを不正アクセスからお守りし、安全にご利用いただくための措置となりますので、ご了承く
そろそろ例のプロジェクトについて言及するか - 西尾泰和のはてなダイアリー
以前、とあるシステムのソースコードを読む機会があったのだけどあまりにひどかった。あのひどいコードでまあまあまともに動いているというのが逆に信じられない。今日昼ご飯を食べながら少し話していたのだけど意外と知られていないようなので、話せる範囲でいかにひどいのか説明してみようと思う。 まず、ソースコードが大雑把に見積もって3750万行あるのだけど、その中でまともに機能しているコードは3%しかない。10分の1程度のソースコードで同程度の機能を実現しているシステムもあるのでほんとあのシステムのコードはゴミだと言っても過言じゃない(*1) プログラマとしてはなんでそのプロジェクトはそんな状態になってしまったのか気になるところだけども、まあ多くのプロジェクト同様、真相を知る人は誰もいない。でもまあ、実際に機能しているコードのコピーみたいなものがあちこちに散らばっていることからしてコピー＆ペーストが盛んに
aggren0xの日記
「この研究分野では二つのセクトが戦っている。ひとつは聖シーウォルから日本人への手紙の信奉者で、こう信じている：必ずしも速い者が競争に勝つのではなく、強い者が戦いに勝つのでもない。しかし時と災難はすべての人に臨む。もう一つの宗派は聖ロナルドの門弟たちで、次のように信じる：招かれる者は多いが、選ばれる者は少ない」 前半は旧約聖書「伝道の書」9:12、後半は新約「マタイによる福音書」。 www.nature.com こんな記事があった。インテレクチュアル・ダーク・ウェブというのがあるのだそうだ。 https://gendai.ismedia.jp/articles/-/59351 これを呼んで、ふと、論文を紹介したいと思った。これらは強烈な研究成果である、と、私は思っているのだが。日本国内的には特に注目はされていないように思う。 これらは科学雑誌としては、昨年度に公開された結果である。 2018
バイオ系研究室PC管理担当のメモ
ブログの場所を下記に移しました。 http://yfuruta.sakura.ne.jp/blog/
DNAでもRNAでもない新たな遺伝物質XNAについて - 蝉コロン
科学遺伝、進化できる物質作製に成功 生命起源や研究に貢献 - 47NEWS（よんななニュース）進化するだなんだ言っていますが、どうなんでしょう。実際の論文はこちら。 Synthetic Genetic Polymers Capable of Heredity and Evolution さて、DNAの構造はこんな感じです。http://en.wikipedia.org/wiki/File:DNA_chemical_structure.svgデオキシリボースという五炭糖（図中オレンジ）がリン酸（図中黄色P）を介して連なっていて、AGCTの塩基が枝みたいに伸びています。二本鎖の相補対が点線で結ばれてます。ちなみに図でバックボーンと書かれているように、塩基がなくても縦のリン酸結合の数珠つなぎ自体は壊れない。DNA二本鎖だったらそういう塩基のない部分は歯抜けみたいになりabasic siteと呼ば
ショートリードの憂鬱 - 次世代シーケンサー
第2世代高速シーケンサー（Illumina, SOLiD, 454）とそのアプリケーションについて。 できるだけ最新に近いことと、トレンド、面白いと思った論文やアプリケーションを書いています。シーケンサーに興味のあるひとは是非覗いていってください。 コメントも大歓迎です。 一分子シーケンサー PacBioについては、姉妹ブログ「パックマンの挑戦 http://pacbiobrothers.blogspot.com/ 」 を、10X Genomicsについては「くろみうんの冒険」を覗いてみてください！ 2020年のイルミナ新製品は、NextSeq1000・2000でしたか。 そうですかー、ミドルサイズのシークエンサーをバージョンアップしたんですね。 私は正直、もっとハイエンドのクラスを行ってくるかと思っていたのですが、ベンチトップクラスを狙ってくるとは。でも、だんだんと種類が増えてきて、エ
GIBCO/ インビトロジェン
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免疫
免疫(immunity)とは 「疫すなわち病気を免れる」という意味である。感染性の疾病に一度かかると，同じ病気には抵抗性を示すといった現象を指す。このためには、自己にとっての異物（細菌・ウイルス・癌細胞など)を認識し、これをを攻撃・排除することが要求される。 免疫小史 ・古代ギリシャの"Peloponnesus戦史"にも、免疫に関する現象の記載がある。 ・古代中国やアラビアの人痘接種(variolation)の実施。危険の多いものだった。 ・E. Jenner (1796年)： 牛痘(cow pox; vaccinia)接種法→接種法(vaccination)。 ・L. Pasteur (1881年)： 炭疽病のワクチン。狂犬病の予防接種(1885年)⇒免疫の概念を提唱。ワクチン(vaccine)の用語。 ・E. Metchnikoff (1884年)： 免疫の細胞説。遊走性の食細胞が生体
生き物のデザイン：大きいものだけを通す孔 - I’m not a scientist.
Potassium channel KcsA from Streptomyces lividans in high concentration of K+ 緑色の球はカリウムイオン，赤色の球は水を表している． 壁紙サイズ（1920x1080）の画像はこちら ナノの世界で生き物を見ている私にとって，「生き物らしさ」と言われて思い浮かべるものは，自然が創り出したデザインの美しさです．今日はそんなデザインの中から，教科書にも載っている有名なものを1つ取り上げてみようと思います． どんな生き物でも，細胞の中や外は色々なイオンが溶けた水溶液に満たされています．例えば，カリウムイオンは，細胞の内側の方が，外側より30倍濃い濃度で保たれています．ナトリウムイオンはその逆です．30億年以上前に，生命が生まれた時の原始の海（生命のスープ）を表しているのではないか，とも言われています． 細胞は脂質でできた膜に
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日本統計学会創立75周年記念出版『21世紀の統計科学』(全3巻) 増補HP版 (2012年1月)
http://www.primate.or.jp/PF/yasuda/index.html