ALLPATHS-LG | High quality genome assembly from low cost data
We are pleased to announce the release of DISCOVAR de novo, our new assembler that is suitable suitable for large genomes up to human size. DISCOVAR de novo, uses the same cheap data that the original DISCOVAR release does: 250 base paired-end PCR-free Illumina reads. No other libraries are required. For more information please visit the DISCOVAR blog, or check out the online demo.
Python Speed - www.peignot.net
多くの人々が頻繁にPythonプログラムの実行速度を心配しています。でもPythonを使わないと、堪らないくらいパフォーマンスのロスがありますよね？ 中には「なんだ、インタプリタのスクリプト言語か、まるっきり遅いや」なんて結論づける人もいます。その一方で、Pythonを実際に試してみて、十分な実行効率をもっていることに気づいた人もいます。もちろん、時にはとっても遅いプログラムができあがることもあります。 なぜ素のスピードが重要か？ あるいは重要でないか?多くの人が必要以上に速度に取りつかれていて、この種の問題ではCが優れた実績を示していることから、（Cが）全ての面で優れた言語であると考えています。他の人々は「開発の速度」がより重要で、Pythonを選ぶのはそのような時に限り、まあそれなりの速度だろうと考えています。そして頻繁に、Pythonのコードが期待以上の速度で動いていることに彼らは驚
Python: 集合型 (set) や辞書型 (dict) のキーに使うオブジェクトの注意点
最近ハマったことに関する小ネタ。 結論から先に述べると、集合型や辞書型のキーに使うオブジェクトには 3 つの特殊メソッド (__eq__(), __ne__(), __hash__()) を実装しましょうという話。 まず話の前提として、自分で作ったクラスで ‘==’ (または ‘!=’) 演算子を使って意味的に等価か比較できるようにするには __eq__(), __ne__() という名前の特殊メソッドを実装する必要がある。 これが無い場合には、デフォルトの動作としてオブジェクトの参照が等しいかの比較になる。 以下のサンプルコードでは、前述した特殊メソッドが実装されていないことからオブジェクト同士の比較は参照の比較となっている。 #!/usr/bin/env python # -*- coding: utf-8 -*- class User(object): def __init__(se
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