伝統ある宗教行事や貴重な伝承を失わせた明治の構造改革日本では、江戸時代の終わりまで神仏習合が普通でしたが、国学者や神道家が台頭してきて彼等にとって牛頭 天王は誠に疎ましく目障りなものであり神道こそ絶対であるとして神仏習合、本地垂じゃくを排撃する彼等にとって、 記紀の中で重要な位置にあるスサノオ尊と習合している牛頭天王は許しがたいものであった。 さらに「てんのう」と称することは「天皇」に対する重大ない称であり、大不敬と思われた。延喜式に記された由緒正 しい古社までが牛頭天王を祀っていることに憤激したのであった。 かくて、彼等は牛頭天王信長対策説なるものを考え出す。これらの神社は織田信長による社寺破壊の難を免れる ために織田氏が信仰篤い牛頭天王を祀っていると称しただけのもので、本意から牛頭天王を祀ったのではないと いう説を作り出したのである。 やがて、明治維新となる。国学者たちが拠った明治政府は王政復古、神武創業の始めに基ずく政
