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ブックマーク / www.haide.net/~chalk (2)

  • Project::MultiSeqAlign (Draft)

    とりあえず、infobiologist ML のやり取りを編集しながらスタート。 これから、徐々に形にする。 全体の流れ マルチプルアラインメントを作る配列の用意 (NCBI から落とすなど) マルチプルアラインメント作成 (ClustalW or ClustalX、emma [EMBOSS] など) テキストベースのマルチプルアラインメントの情報を、画像の形式に変換。 この際に、同じ部位は箱で囲んで塗りつぶすなどの加工をする。 画像となったマルチプルアラインメントを、画像編集ソフトで加工 マルチプルアラインメントを作る配列の用意 NCBIから配列を落としてくるのを例に。 とりあえず、NCBIに行く。 検索フォームにタンパク質名など入力。検索をする。 リストが出る。選んでクリックすると、詳細情報が出る。 FASTA に。File になっているのを確かめて、Send to をぽちっと。 落

    tny
    tny 2009/03/30
    配列アラインメント画像データ編集
  • Illustrator for Bio

    ※ 例によって暫定公開。。。 バイオな人々の生活 バイオの人々の生活というと、いわゆるwet系の、実験を やる人たちは、当然のことながら実験をしていて、dry系の 人は、コンピュータを使って、計算したり、データ解析をしたりしているわけです。 もちろん、最近は、実験も計算も、という両刀使いの人もいるわけですが。 普段は、実験していればよく、実験ノートにちょこちょこメモをしておけば いいのでしょうが、そうでないときもでてきます。 学会で発表するとか、卒業や修了のために発表会をするとか、セミナーで 話さねばならないとか、論文を投稿するとか。 そのようなときは、きれいな図をつくらねばなりません。もちろん、もろもろの ソフト、ツールもありますし、Webでのサービスもあります。 しかし、それらがそのまま使えるとは限りません。そこで、何らかの画像作成・ 加工のソフトが必要となります。 なぜ? いつ? I

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