iTOL: Interactive Tree Of Life
Welcome to iTOL v6 Interactive Tree Of Life is an online tool for the display, annotation and management of phylogenetic and other trees. Manage and visualize your trees directly in the browser, and annotate them with various datasets. Tree annotation made easy. Annotate your trees directly from Microsoft Excel, LibreOffice or Google Sheets, or use the integrated web dataset editor. Advanced users
幾霜::残日録::2008/06/05 (木)
これも考えてみたらさほど難しいことはなかった。まず指定された外群のOTUを全て含むクレードの中で最も浅いクレードを探す。そのクレード直下の枝とクレード直上の枝が新しい有根系統樹の根点直下の枝となる。クレード直下の枝とそこに繋がっているクレードを出力する有根系統樹に加えたら、逆にクレード直上の枝を遡っていきつつ続けて加えていく。入力系統樹の根点まで到達したら、たどってきたクレード以外を加えて完成。おしまい。 まぁ実際に実装するのはけっこう面倒なんだが、Treefinderの系統樹読み込みと処理って結構遅いので自前で実装した方が良いかもしれない。
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Google Summer of Code 2008 We are participating again this year as a mentoring organization to participate in the Google Summer of Code™ program. Please see our Phyloinformatics Summer of Code page for 2008 for project ideas, mentors, and other information about us. Previous years 2007 NESCent and Google project pages. Hackathons What is a hackathon? A hackathon is a hands-on software development
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Note that the code for TreeView X is now available from Google Code. TreeView X is an open source program to display phylogenetic trees on Linux, Unix, Mac OS X, and Windows platforms. It can read and display NEXUS and Newick format tree files (such as those output by PAUP*, ClustalX, TREE-PUZZLE, and other programs). It has a subset of the functionality of the version of TreeView available for th
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