64bit版Windowsでアプリケーションが動作する際には、Windowsシステムフォルダー(¥Windows¥System32)にあるアプリケーションやDLLにアクセスする。このWindowsシステムフォルダーにあるのは、64bitのプログラムだ(64bitプログラムがあるのに「System32」なのは互換性維持のため)。 先に述べたように、WOW64上で32bitプログラムを動かした場合、64bitのDLLは呼び出せない。そのためWOW64では、32bitプログラムに対してWindowsシステムフォルダーを「¥Windows¥SysWOW64」に切り替える。このSysWOW64フォルダーに、32bit版のアプリケーションやDLLが保存されている。 またレジストリにも、WOW64上で動かす32bitプログラムのために、「HKEY_LOCAL_MACHINE¥Software¥Wow64
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