Submitting jobs (qsub) To use the compute nodes in our HPC clusters, you submit jobs to the batch job scheduling system SGE (formerly Sun Grid Engine, now its open source successor Son of Grid Engine). As a user you may want to become familiar with the following commands: qsub, qstat, qdel, qhost and qsh, which are briefly described in the following sections. For more information see the respectiv

コマンドに別の名前を付けるにはで紹介したように、エイリアスは非常に便利な機能だが、一時的にコマンドをオリジナルの状態で動作させたいときもあるだろう。そのような場合には、コマンドの先頭に「\」（バックスラッシュ、半角の円マーク）を付けるといい。 例えば、「ls」コマンドはデフォルトで「alias ls='ls -NF --show-control-chars'」などのように設定されていることが多く、ディレクトリや実行ファイルに「/」や「*」といった記号が付いて表示される。しかし、「\ls」とすると、オリジナルのlsコマンドの状態でコマンドが実行される。 上の画面を見ると分かるように、最初のlsは「alias ls='ls -NF --show-control-chars'」となっているので、ディレクトリの後ろには「/」が、実行ファイルの後ろには「*」が付いている。2回目のlsは「\」を先頭に

準備が出来たら、対象のHDDを確認するわけだが、HDDのパーテッションが１パーテッション、もしくは、区切ったブロックを覚えていれば、 まず、対象のディスクに対して、fdiskをしてみる。すると、こんなメッセージが出る場合がある。 1) ブート時に実行するソフトウェア (例. バージョンが古い LILO) 2) 別の OS のブートやパーティション作成ソフト (例. DOS FDISK, OS/2 FDISK) 警告: 領域テーブル 4 の不正なフラグ 0x0000 は w(書き込み)によって正常になります ここで、いったんw等押さないでqでfdiskを抜けてマウントするとデータが100%復帰している場合が多々ある。(理由はわかりません) 自分の場合は復帰したが、２台中１台は復帰できたが、もう一台は無理だった。 wを押した場合もあったが、対象HDDが1パーテッションだったので、一度領域を開放

まず最初に、 resolve.conf ではなく resolv.conf だそうです ^^;) bash の補完機能は便利ですねぇ ^^;;) Ubuntu 10.04 のサーバを Ubuntu 12.04 server に置き換えるため、 OS インストールの後 /etc/resolv.conf の設定を書き換えました。そして、再起動すると、 resolv.conf の内容が書き換えられてしまいます。 Ubuntu 12.04 では resolvconf を使うので、 /etc/resolvconf/resolv.conf.d/base に書けばよいという話を聞いたの ( ソース不明 ) で Ubuntu 10.04 の旧サーバの /etc/resolv.conf の内容をそのままそこに書いて sudo service resolvconf restart としてみましたが、だめでした。

ディレクトリ名とファイル名とに分離する Linux シェル (sh) では次のようにして、変数に格納された文字列から "ファイル名" と "ディレクトリ名" を取得できる様子です。 #!/bin/sh # FILEPATH 変数にファイルのパスが格納されているとします。 FILEPATH="/etc/httpd/httpd.conf" # FILEPATH から拡張子を含むファイル名を取得します。 FILENAME=${FILEPATH##*/} # FILEPATH からディレクトリ名を取得します。 DIRNAME=${FILEPATH%/*} このようにすることで、FILENAME 変数には拡張子を含むファイル名が、DIRNAME 変数にはファイル名を除いたディレクトリ名が格納されます。 ここで使用している ## や % といった記号は、変数の値を調整するオプションのようで、次の意味合

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NTFSフォーマット済HDDをext3にフォーマットする方法(Linux ubuntu 8.10)ubuntuの場合、NTFSフォーマットにも対応しており接続すると自動的にマウントしてしてしまう。 今回のように、NTFSフォーマット済みディスクをext3フォーマットにしたい場合、結構やっかいだったので、覚え書きとして記録。 ステップ1処理対象とする(NTFSでフォーマットされた)USB HDDをubuntuのインストールされたPCに接続する。 ステップ2USBに接続したHDDは自動認識され、マウントされる。 それが /dev/sda か /dev/sdb かまたはその他 /dev/hogehoge のどこに接続されているか調べる。 $ sudo mount 私の場合は、/dev/sdb に接続していることが判明。 ステップ3すでにマウントされているので、いったん umount する。（以下

PCを2台購入し、新たな環境を作りましたので報告します。 2core PC を4台並列化し、ジョブ管理ソフト“sun grid engine”（以下 SGE）*1を用いて、 ジョブコントロールを自動で行わせます。 自分の生活上の利点としては以下です。 並列化プログラムを空いているリソース（CPU）に自動で割り振ってくれることが便利であること。（OpenMPI 利用時） 並列化されていないプログラムに複数の異なった引数で実行させる際に、引数指定それぞれを自動で空いたリソースに割り振ってくれること。（並列化されてない普通のプログラムを並行させて走らせることができる！） IP roll hostname 172.16.0.2 管理ホスト master-ubuntu 172.16.0.3, 4, 5 計算ノード calc1, 2, 3 作業内容 PXEブートを利用し3台の PC に Ubuntu1