inMeXesを使って文献に頻出する英語表現や関連語を高速に検索する 2018
inMeXes(インメクセズと読みます)は、DBCLSが提供するサービスの一つで、生命科学系の文献(PubMedに含まれるタイトルとアブストラクト)に頻出する英語表現を、1文字の入力ごとに高速に再検索することができます。また、検索結果から用例や関連情報を容易に取得することができます。3文字以上の入力で、生命科学系の文献で実際に用いられている表現をPubMedデータベースにおける頻度順に表示します。1文字の入力を追加するごとに逐次的に文字列にマッチする表現を検索し直すので、目的とする表現をみつけやすくなっています。用例は、「ライフサイエンス辞書プロジェクト(京都大学)」が提供している共起表現リストや、「生命科学データベース横断検索(NBDC)」の文献・データベースリストなどで確認できます。一度検索した表現の用例は、結果を再現しやすくするためにURL(Permalink)を動的に生成することが
Allieを使って略語の正式名称を検索する 2017
Allie（「アリー」と発音します）は、ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)が提供するサービスのひとつで、PubMed/MEDLINE(医学生物系文献書誌情報データベース)に収載されている文献中に出現する略語とその正式名称の組およびその付随情報を検索するシステムです。 生命科学系の文献では非常に多くの略語が使われており、同じ表記でも全く違う意味を示していることが少なくありません。Allieでは、利用者の興味のある略語を検索語として入力することで、その使われ方をPubMed/MEDLINE中によく現れる順で一覧表示すると共に、その略語が使われた文献の発表年を提示しています。また、検索された各略語について、その意味で使われている文献中で共起する他の略語も同時に検索されることが特徴です。 日本語の対訳がある正式名称についてはそれらを併せて表示したり、検索結果の略語もしくは正式名
文献管理システム TogoDocの使い方
TogoDocはDBCLSが開発・提供している文献管理システムです。 PubMed IDのリストを本システムに登録することで、 興味を持ちそうな関連文献を取得したり、各書誌情報に任意のタグを付けて整理することができます。またPubMed検索結果から適宜書誌情報を登録や、あるいはRIS形式のファイルをアップロードすることでも可能です。 さらに、普段お使いのPC (Win/Mac) にオンラインジャーナルからダウンロードした論文のPDFファイルを効率よく整理できるフリーの文献管理ソフト TogoDoc Client と連携して文献情報を管理することも可能です。 今回の番組では登録、検索、タグ管理、文献の推薦といったサービスの基本的な操作についてソフトウエア、ウェブの両方について動画で解説を交えて紹介しております。
Biohackathon 2013 Welcome address
NBDC / DBCLSBioHackathon 2013 was held in Tokyo, Japan. Main focus of this BioHackathon is semantic interoperability and standardization of bioinformatics data and Web services. The participants discussed, explored and developed web applications and interoperability (DDBJ/UniProt, SADI, TogoGenome, Schema.org etc.), generation and standardization of RDF data (Open Bio* tools, SIO, FALDO, Identifie
クリエイティブ・コモンズ・ライセンスの付け方
Creative Commons (CC)は、創造的な作品に柔軟な著作権を定義するライセンスシステムを提供するNPO法人です。クリエイティブ・コモンズ・ライセンスは、文書、動画、音楽、写真など多様な「作品」を対象としています。 なぜそのようなライセンスが必要なのかというと、情報を共有しようとするとき、知的所有権法や著作権法が障害になる場合があります。CCはこれらの法的問題を解決し、広く情報を利用できるように設けられたライセンスです。CCを使って「作品」を公開することは、著作権者側にも利用者側にもメリットがあります。さあ、あなたもクリエイティブ・コモンズ・ライセンスを使いこなして、研究活動の成果を再利用しやすくしてみませんか！
Allieを使って略語の正式名称を検索する2009
Allie（「アリー」と発音します）は、 ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)が提供する医学生物系論文書誌情報データベースMEDLINEを対象とし、出現する略語（略字）とその正式名称のペアを検索するシステムです。 生命科学系の論文では非常に多くの略語が使われており、同じ表記でも全く違う意味を示していることが少なくありません。Allieでは、利用者の興味のある略語を検索語として入力することで、その使われ方をMEDLINE中によく現れる順で一覧表示すると共に、その略語が使われた論文の発表年を提示しています。また、検索された各略語について、その意味で使われている論文中で共起する他の略語も同時に検索されることが特徴です。
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