gitでコミット済のファイルを消去後に復活させる | Find Something You’ve Lost
最近は http://bitbacket.org/ を利用してプロジェクト関連のファイルを全てレポジトリに保存しているのだが、昨日コミット&プッシュの後に誤ってファイルを別の内容で上書きしてしまった。 はいはい、こういうときには簡単に復活できるんだよね、と思いその方法を探ってみると‥。 意外と手間のかかる操作ということが判明したので、備忘録を兼ねて記録しておくことにした。情報源はこちらとこちら。 一度コミット&プッシュすればレポジトリにその内容は保存されているので、復活させること自体は当然出来るのだが、そのために必要な処理は大きく分けると二つある。一つはファイルを復活させることであり、そしてもう一つは、復活後に引き続き作業結果を滞り無くコミット&プッシュするための準備作業である。これを忘れると、以後、コミットは問題無いが、プッシュしても「Everything up-to-date」と表示さ
オントロジーエディタprotégéを使う | Find Something You’ve Lost
2013年10月8日に行われた第7回LinkedData勉強会にて「オントロジーエディタprotégéを使う」と題してprotégéの使い方を簡単に紹介しました。時間がおしていたことなどから非常に駆け足の説明となり、分かりにくい点が多々あったと思います。その後、スライドを見るだけでもなるべく分かるようにするために若干加筆修正をしてslideshareにアップしました。 protégé全体の説明を詳細にすることは困難なので、ひとまず、起動して何をしていいのか分からない、という状況にならないような紹介にしようと思いました。非常に簡単な事例を除いて、最初から思い描いていた通りのオントロジーを構築することはほぼ無理なので、実際の作業としては、オントロジーを作る → それを利用したデータセットを構築する → アプリケーションなどから利用する → 問題を見つける → オントロジーを更新する、の繰り返し
トリプルストア内の情報を得るサンプルクエリ集 | Find Something You’ve Lost
グラフ一覧と各グラフに含まれるトリプル数を取得する SELECT DISTINCT ?g (COUNT(?s) AS ?gcount) { GRAPH ?g {?s ?p ?o} } GROUP BY ?g ORDER BY DESC (?gcount) 実際にインスタンスをもつクラス一覧と、クラス定義があればその情報も含め、各クラスに含まれるインスタンス数を取得する トリプルには重複が含まれていることがあるので、念のために distinct を入れている。また、Virtuoso関連クラスを除外するためのフィルタを加えている。 PREFIX rdf: <http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#> PREFIX owl: <http://www.w3.org/2002/07/owl#> select (count(distinct ?ins) A
SPARQL editor test | Find Something You’ve Lost
CodeMirrorを使ったSPARQLクエリのハイライト表示を試すついでに、実際にSPARQLエンドポイントに投げられるようにしてみた。ソースコードは下にある通りで、とても簡単にブログやサイトに埋め込めることから、サンプルクエリを提示する時に使うのも良いと思う。 Endpoint: PREFIX rdfs: <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#> PREFIX rdf: <http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#> PREFIX xsd: <http://www.w3.org/2001/XMLSchema#> PREFIX allie: <http://purl.org/allie/ontology/201108#> select distinct ?F ?lfr (str(?L) AS ?LF) (s
ハッカソンとバイオハッカソン | Find Something You’ve Lost
最近ハッカソンという言葉が巷で広がり始めているようなので、まとめておくことに。なお、ここに書かれている内容は筆者の個人的な思いであり、バイオハッカソンのオーガナイザーや主催者を代表しているものではないことを予めお断りしておく。 さて、日経ビジネスやwebR25の記事を読んでみると、これまでDBCLSが中心として進めてきたそれとは少々スタイルが異なるものであることが分かる。DBCLSでは、様々な組織の協力を頂きながら、バイオハッカソンという名称で2008年から毎年ハッカソンを開催している。バイオハッカソンでは約一週間、原則として朝から晩まで食事以外は全て開発もしくは開発のための議論に時間が充てられる。開発成果に対する優劣はつけず、また賞品の授与も無い。ハッカソン全体の進み方はこうだ。最初に参加者間で課題を幾つか出し合い、それぞれに対応したチームが構成され作業が開始される。その後は適宜情報共有
Linked Open Dataの構築に関する論文の出版 | Find Something You’ve Lost
2013年の3月13日にLinked Open Dataの構築についての論文が出版されました。これは、生命科学分野の略語に関するデータベースAllieとRDF化されたWikipediaのデータベースDBpediaの間のリンクを自動生成する試みを報告したものです。 Allieを検索すると分かりますが、1つの略語に対して、その本来の表現である展開形が複数存在することは多く(略語の多義性、例えばSPF)、複数の候補が提示された場合には、実際に自分が求めている展開形がそれらのうちのどれに当たるのかを簡単に知ることが出来れば有益であると思います。しかし現時点ではAllieで略語を検索しても、各展開形の意味は書かれていません。本機能を実現するためには各展開形の辞書が必要となるわけですが、その数は180万弱と膨大で全てを我々が構築することは不可能です。しかも、既に同様の資源があり、それを適切に利用できる
SPARQLを使い込む 補足 | Find Something You’ve Lost
第5回LinkedData勉強会が先日開かれて「SPARQLを使い込む」と題した発表をさせていただきました。 ここでは発表中に口頭でのみお伝えした点やお伝えしきれなかった点について補足しておきます。 SERVICEキーワードを利用したfederated queriesではリモートのSPARQLエンドポイントに対して容易に大量のデータを返す様なクエリを発行出来てしまいます。従ってこの便利な機能を使う際には、実際にリモートに投げられるクエリを想定して行うのが良いと思います。 クエリの構造として同じスコープにある変数の場合、実際にクエリに書かれている順番にバインドされていくわけではないので、リモートに投げられる時点で、記述したクエリの変数のいずれかがバインドされていることを想定することが出来ません。従って、探索空間が非常に広くなりえることに注意が必要と思います。 SELECT * WHERE {
2011年分子生物学会発表スライド補足 | Find Something You’ve Lost
年会の一般口頭発表(Towards Database Integration Through RDF & Linked Data)で紹介したRDF/Linked Dataを通したデータベース統合について8分では伝えきれないこともあったのでここに記しておく。 ウェブの発達とデータベースの増加 ウェブを成り立たせる基本の技術仕様であるHyper Text Markup Language (HTML)とHypertext Transfer Protocol (HTTP)はともに1990年代始めに発表された(参考1,参考2)が、それから20年弱で爆発的に利用者が増えた。それに伴い、ウェブを介してアクセスが可能な生命科学分野のデータベースも激増した。NCBIの提供するEntrezが、それまでftpやCD-ROMなどのメディアで提供されていたGenbankやMEDLINEなどの各種データベースを横断検
Protegeを使ってオントロジーを作る | Find Something You’ve Lost
protegeのバージョンアップに伴い、本記事の記述は古くなってしまいました。新規バージョンの利用方法については、こちらを参考にしてください。 2013年10月15日 今回はオントロジー編集ツールとして広く使われているProtegeを用いてオントロジーを作ります。オントロジーの作り方を記録するだけでなく、Protegeの使い方をまとめておく目的もあります。例として、以前にセマンティックウェブ的なウェブサービス提供方法の一つであるSADIに則ったウェブサービスをPerlを用いて構築する際に用いたメタボオントロジーを取り上げます。定義するオントロジーのイメージは図0のような感じです。参考文献はW3CのOWL仕様書になります。 以下のような順序で進みます。編集には、「ラベルをつける」、「関係の定義」も含まれます。 protegeのインストール ファイル名の設定 編集 リリース インストール pr
SADIを使ってSW的なウェブサービスを構築する | Find Something You’ve Lost
SADIはSemantic Automated Discovery and Integrationの略で、セマンティックウェブ的な枠組みを利用し、オンラインでアクセス可能なウェブサービスやデータベース(オンライン資源)を統一した方法で活用出来るように提案されているサービス提供形式の一つです。具体的にいうと、オンライン資源へのアクセスはHTTP、入出力のデータフォーマットはRDF、入出力の型の定義はOWLで、という具合です。SADIに沿って構築されたオンライン資源のエンドポイントにHTTP GETすると、入出力の型や処理内容がRDF形式で得られ、処理させたいデータを同エンドポイントにHTTP POSTすると、実際の処理が行われ、結果が得られます。また、入力データと出力データの関係が陽に分かるように、両者のRDFにおける主語は同じでなければならない、という規定があります。つまり、例えば「山本の
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