O'Reilly Media - Technology and Business Training
More than 5,000 companies count on our digital courses and more to guide their teams through the tools and technologies that drive business outcomes. We can help yours too. New AI policy for O’Reilly authors and talent O’Reilly president Laura Baldwin shares the company’s ethical approach to leveraging GenAI tools and ensuring O’Reilly experts are compensated for their work. See it now It’s time t
BioMOBY
MOBYのクライアントの1つであるRemoraを使ってみました。通常では様々なWebサービスを個々に使って解析しなければならないタスクを、下図のようなワークフローを構築することにより、一度に解析することができます。 MOBYのように複数のWebサービスを連携して利用できる仕組みがあるとRemoraのFrequently Asked Workflows (FAW)のように利用頻度の高いワークフローをテンプレートとして再利用しやすいですし、研究の効率化にも繋がると思います。 ただ、サイトを見る限りでは、MOBYを使いこなすのは、私には大変そうだなという印象を受けました。日本にもユーザーグループが設立されているようですし、使いこなせれば便利なのは間違いないと思いますので、これから学んでいこうと思ってます。 人気ブログランキング(クリックして応援してね)
[EBI]2can Bioinformatics Educational Resource: Home Page
The page that you have requested is part of a service that is no longer directly maintained.The 2can web site is now closed as it is no longer maintained. Help and tutorials are available on the resource pages and at the Train Online site: http://www.ebi.ac.uk/training/online/ If you have any queries about the site please contact us via http://www.ebi.ac.uk/support
SciRubyInterviews/AlexGutteridge - SciRuby
SciRuby authors Ara Howard and Justin Crawford interview AlexGutteridge Name AlexGutteridge Title Dr Institution Kyoto University Academic Background BSc in Biochemistry, MSc and PhD in Bioinformatics working on the structural bioinformatics of enzymes. Now doing a post-doc in Kyoto. Interview [SciRuby] Can you briefly describe (a few paragraphs) your research project(s)? What are you trying t
実習 - バイオインフォマティクス実習「データリソース活用II」
GenomeNet で提供されているデータベースを例にとり、Web ベースのエントリ単位のデータの解析から、ファイル単位の多数のデータを一括して解析する方法への基礎技術を習得します。 1. 実習の予定（10:00〜17:30） 10:00 計算機環境の設定（担当：片山） 13:00 配列データベース解析（担当：伊藤） 14:30 化合物データベース解析（担当：服部） 16:00 パスウェイデータ解析（担当：川島） 2. 参考文献など KGML マニュアル <URL:http://www.genome.jp/kegg/docs/xml/> KEGG API 日本語マニュアル <URL:http://www.genome.jp/kegg/soap/doc/keggapi_manual_ja.html> 3. 前提知識 UNIX のファイル操作ができること(cd, ls, moreなど） 分子生
IPA：2005年度「未踏ユース」採択概要
分子の化学構造を表記する方法に、SMILES記法（Simplified Molecular Input Line Entry Specification syntax）という方法がある。SMILES記法とは、グラフ理論に基づいて考案された表記方法で、化合物中の原子をノード、原子間の結合をエッジと見立て、化学構造を１行の文字列で表す方法である。SMILESは文字列であるために、化合物のデータベースを作成するのに大変扱いやすく、広く用いられている。しかしながら、SMILESから得られる情報は、化合物の原子種とそれらの結合情報だけで、原子の座標情報を得ることが出来ない。そこで、本プロジェクトではSMILESから化合物の３次元立体構造を構築するプログラムの作成を第１の目的とする。さらに、構築した化合物の３次元立体構造を用いて、薬物標的タンパク質との結合様式や結合親和性を評価するプログラムの作成を第
Bio3D: Home
Bio3D in R Utilities for the analysis of protein structure and sequence data Overview Bio3D is an R package containing utilities for the analysis of protein structure, sequence and trajectory data. It is currently distributed as platform independent source code under the GPL version 2 license. Please see the Download page for installation instructions. Features The ability to read and write struc
G-language System as a platform for large-scale analysis of high-throughput omics data - JPESTICS : Vol. 31 (2006) , No. 3 pp.282-288
G-language System as a platform for large-scale analysis of high-throughput omics data Abstract: The advent of high-throughput measurement technologies has resulted in the rapid accumulation of “omics” information including genome, transcriptome, proteome, and metabolome data. This increase in data acquisition has lead to a demand for an efficient computational platform for in silico analysis. Th
ctwatch.org - This website is for sale! - ctwatch Resources and Information.
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「ライフサイエンス分野の統合データベース整備事業」に関する受託実施機関の決定について−文部科学省
http://itoshi.tv/d/?date=20060911
Plant Transcription Factor database - Rules for the clustering of families - Universitaet Potsdam
PLANT Transcription Factor database - Universitaet Potsdam
Arabidopsis Transcription Factor database - Universitaet Potsdam
Rice Transcription Factor database - Universitaet Potsdam
Amateur Bioinformatics / FrontPage
http://b-src.cbrc.jp/markup/bioperl/core/Bio/Tools/GFF.pm?q=path:bioperl/core/Bio/Tools/GFF.pm%20gff%20gff_string
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