BioDASのウィキ化 - kwg memo
http://bonohu.jp/t/20061107.html#p01 BioDASのウィキ化と聞いて、あらぬ妄想を抱いてしまった。http://biodas.org を Wiki化する、というシンプルなことなんですね。妄想はげしいなぁ > 自分 で、何を妄想したかというと、DASアノテーションをWikiっぽいインターフェースで編集する、ということ。gbrowseやそれなりのゲノムブラウザなんかでは、アップロードしたgffファイルなんかに限って、wikiっぽいインターフェースで編集できる。こういう用途に特化したDASサーバについての議論か？ということ。妄想したアプリケーションを整理すると、(^^; あるdas wikiサイト(仮)へとぶ 自分用のアノテーションページを作る ここに、自分のアノテーションをwikiで（たとえばgffで）コツコツ記入する 「保存」とかすると、記入されたアノテー
Spec | Biodas | Distributed Anotation System
The distributed annotation system (DAS) relies on there being a common "reference sequence" on which to base annotations. The reference sequence consists of a set of "entry points" into the sequence, and the lengths of each entry point. The identity of an entry point will vary from genome to genome. For some genome projects, entry points correspond to entire chromosomes. For others, entry points m
DASクライアント@bioruby - kwg memo
http://code.open-bio.org/cgi-bin/viewcvs/viewcvs.cgi/bioruby/lib/bio/io/das.rb?rev=1.11&cvsroot=bioruby&content-type=text/vnd.viewcvs-markup 某n氏とおしゃべりしていたときに、「無いのかなぁ」とか言ってしまったけれど、当然のごとく(?)存在するじゃありませんか。さすが。 ただ、perlなBio::DB::GFFや、Bio-Dasとはちょっとだけ使用感が違う。 まず、Bio-Dasの場合 http://b-src.cbrc.jp/markup/das/Bio-Das/Das.pm#l241 # dsnまで指定して、DASサーバへ接続 my $das = Bio::Das->new('http://www.wormbase.org/db/das' => '
DAS registration server - Distributed Annotation System
We are intending to run a DAS workshop in early 2009 If you would like to express an interest in attending a short 2 day workshop or presenting at the workshop then please email Jonathan Warren. The workshop is likely to be similar in agenda to the previous workshop that was run in 2008. Previous presentations from this workshop can be found here. About The DAS registration service provides a rep
Enhancer Element Locator
Enhancer Element Locator, or EEL, is a tool for locating distal gene enhancer elements in mammalian genomes by comparative genomics. News EEL is not dead! It is continually maintained and developed and new features will be published in due course. The latest public source code is available at github repository. Database access (discontinued on 3.10.2016)) The web based database access to precomput
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http://www.tigr.org/docs/tigr-scripts/tgi/das/dsn
http://rice.tigr.org/tdb/e2k1/osa1/irgsp/DAS.shtml
O|B|F News
https://song.sourceforge.net/gff3.shtml
Node/122 - GMOD
Das2 Protocol | Biodas | Distributed Anotation System
The UniProt Protein DAS Server < EMBL-EBI
http://www.ensembl.org/info/data/external_data/das/ensembl_das.html
http://www.spatial.maine.edu/~mdolan/SO_Graphs/