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計算機による帰納的モデリングの環境
ニュース & イベント 2007.12.6～8 共同研究集会「データ解析環境Rの整備と利用」および関連するセミナーを開催します。 Tutorial of GAPの日本語資料 を公開しました。 共同研究「Rの整備と利用」研究会」一日目の様子を公開しました。 SC06参加の様子を公開しました。 過去のイベント一覧 概要 現代の科学研究において、計算機は欠くことのできない道具です。それは巨大電卓としての 役割だけにはとどまらず、複雑な現象のモデルを記述するための主要な手段になっています。 例えば、飛行機の飛行過程を、数式や自然言語だけで正確にモデリングすることは困難ですが、 計算機によるフライトシミュレータはそれを実現しています。さらに計算機は、帰納的推論に欠かせない 多量の事実（＝データ）の収集と保管にも欠かすことができません。インターネット技術は、 計算機のこの機能を飛躍的に強化しました。本
Newick書式から系統樹を描く - ryamadaの遺伝学・遺伝統計学メモ
系統樹を描くための情報は ((hap1:1.5,hap3:1.5):1.5,(hap2:0.5,(hap0:2.33333333333333,hap4:0.666666666666667):1.5):0); のような書式に盛り込むことがある。これをNewick書式と言う。 この書式を読んで系統樹を描くアプリケーションはフリーのものもある(TreeViewなど)が、自作のプログラムに組み込むのには向かない。 フリーの統計ソフト「R」にてNewick書式がハンドリングでき、系統図が描けるので、その設定について備忘録として残す。 Rのパッケージ ape をインストールする。 >library(ape) にて読み込む。 apeに含まれる関数 read.treeにて、Newick書式が書かれたテキストファイル"hogenewick.txt"を読み込む >read.tree(file="hogenew
R Graphical Manual
18,691 images, 1,263 packages, 33,935 functions Last data update: 2007-11-26 (R version 2.6.0)
Bioconductor - Wikipedia
Bioconductor is a free, open source and open development software project for the analysis and comprehension of genomic data generated by wet lab experiments in molecular biology. Bioconductor is based primarily on the statistical R programming language, but does contain contributions in other programming languages. It has two releases each year that follow the semiannual releases of R. At any one
SciRubyInterviews/AlexGutteridge - SciRuby
SciRuby authors Ara Howard and Justin Crawford interview AlexGutteridge Name AlexGutteridge Title Dr Institution Kyoto University Academic Background BSc in Biochemistry, MSc and PhD in Bioinformatics working on the structural bioinformatics of enzymes. Now doing a post-doc in Kyoto. Interview [SciRuby] Can you briefly describe (a few paragraphs) your research project(s)? What are you trying t
実習 - バイオインフォマティクス実習「データリソース活用II」
GenomeNet で提供されているデータベースを例にとり、Web ベースのエントリ単位のデータの解析から、ファイル単位の多数のデータを一括して解析する方法への基礎技術を習得します。 1. 実習の予定（10:00〜17:30） 10:00 計算機環境の設定（担当：片山） 13:00 配列データベース解析（担当：伊藤） 14:30 化合物データベース解析（担当：服部） 16:00 パスウェイデータ解析（担当：川島） 2. 参考文献など KGML マニュアル <URL:http://www.genome.jp/kegg/docs/xml/> KEGG API 日本語マニュアル <URL:http://www.genome.jp/kegg/soap/doc/keggapi_manual_ja.html> 3. 前提知識 UNIX のファイル操作ができること(cd, ls, moreなど） 分子生
Bio3D: Home
Bio3D in R Utilities for the analysis of protein structure and sequence data Overview Bio3D is an R package containing utilities for the analysis of protein structure, sequence and trajectory data. It is currently distributed as platform independent source code under the GPL version 2 license. Please see the Download page for installation instructions. Features The ability to read and write struc
RubyForge: RSRuby: Project Info
RSRuby is a bridge between Ruby and the R interpreted language. When RSRuby is called in a Ruby script, a full R interpreter is embedded into the Ruby interpreter, allowing the Ruby script to call functions from any R library the user wishes. Development Status: 3 - Alpha Intended Audience: Developers License: BSD License Natural Language: English Operating System: OS X, POSIX Programming Languag
ggplot. had.co.nz
ggplot An implementation of the grammar of graphics in R. Check out the documentation for ggplot2 - the next generation ggplot is an implementation of the grammar of graphics in R. It combines the advantages of both base and lattice graphics: conditioning and shared axes are handled automatically, while maintaining the ability to build up a plot step by step from multiple data sources. It also
S4 クラスとメソッド入門 - RjpWiki
R の S4 クラス、メソッド入門 R ユーザー会資料 (2005.12.10) 間瀬茂 以下では、R のクラスとメソッドについて簡単に説明する。R のクラスとメソッドの実装方式には S3 (S 言語第3版) 方式と、S4 (S 言語第4版) 方式が現在併用されているが、順次 S4 方式に統一されて行くと思われる。S4 クラス・メソッドは本格的なオブジェクト指向機構を実現している。R の基本パッケージ stats4 は S4 クラス・メソッドを操作する統計関数からなる。 クラス(class)とはある構造を持つデータの集まり、メソッド(method)とはクラスに対してある処理を行う関数である。R の統計関数は多く総称的(generic)であり、個別のクラスに対して実際に適当な処理を行うメソッド関数グループが多数存在する。総称的関数は、引数のクラスの素性に応じて適当なメソッド関数を選択適用
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http://pub.maruzen.co.jp/book_magazine/shinkan/kinkan/kinkan001.html
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http://cse.niaes.affrc.go.jp/minaka/diary2006-11.html
http://www.okada.jp.org/RWiki/index.php?R%B7%C7%BC%A8%C8%C4
Home - bepress
SVM-Tutorial using R (e1071-package))
http://www.okada.jp.org/RWiki/index.php?%A3%D1%A1%F5%A3%C1%20%28%BD%E9%B5%E9%BC%D4%A5%B3%A1%BC%A5%B9%29
IBM Developer
データ解析言語Rによる統計的プログラミング: 第3回