Newick書式から系統樹を描く - ryamadaの遺伝学・遺伝統計学メモ
系統樹を描くための情報は ((hap1:1.5,hap3:1.5):1.5,(hap2:0.5,(hap0:2.33333333333333,hap4:0.666666666666667):1.5):0); のような書式に盛り込むことがある。これをNewick書式と言う。 この書式を読んで系統樹を描くアプリケーションはフリーのものもある(TreeViewなど)が、自作のプログラムに組み込むのには向かない。 フリーの統計ソフト「R」にてNewick書式がハンドリングでき、系統図が描けるので、その設定について備忘録として残す。 Rのパッケージ ape をインストールする。 >library(ape) にて読み込む。 apeに含まれる関数 read.treeにて、Newick書式が書かれたテキストファイル"hogenewick.txt"を読み込む >read.tree(file="hogenew
2006-11-10
Railsアプリケーションで、一定間隔で処理を実行したい。 普通のプロセスならcronでやればよいのだけれど、そこはRails。プロジェクト環境内で済ませられればOSを選ばずに快適のはず。 Hello, world! 瀧内＠ドリコム研究室のブログ：RailsCronプラグインを使う RailsCronプラグインを利用すると、定期的に繰り返される処理を簡単に実装する事ができます。 普通はこのような事を実現する為に cron を使う事が多いと思いますが、Railsアプリケーションは起動しっぱなしで使う事が多いので、こういう方法もありですね。 という記事を見つけました。cron情報保存にActiveRecordを使う、コテコテのRails依存なcron。 リポジトリパスが変わっているのと、ちょっと引っかかったところがあったので手順をメモ。 続きを読む 軽いし、補完は優秀だし。 「Emacsとかv
GD-高速道路ゴシックJA-OTF (GD-HighwayGothicJA-OTF) 高速道路の文字を再現しよう計画 5r4ce2[Fiber Force2] pumpCurry's Website - fontJunction at hogera.com
ぱんかれはいつも「なんかないかのう」とつぶやきます。 しかし、このワードをつぶやいているときは面白いモノを作るきっかけを探しています。 高速道路フォントを作り始める前にも「なんかないかのう」とつぶやいていました。 最近はコンビニエンスにいろいろなものが簡単に実現できるようになりました。 調べることも、遊ぶことも、作ることも、何か始めることでさえ、ネットにつなげることができればすぐ完結できてしまいます。 そんな世の中を受け入れつつも、他の方の「こんなのないかのう」を満たすような、なにか変わったものをつくりたい。 サイト名称「5r4ce2(ファイバーフォースツー)」は、Fiber(繊維のような)とForce(力)、この2つを組み合わせたものです。 みなさんと、がっしり結びつきながら、新たな方向性という「力」を、世に発信していければと考えています。 いっしょに、私たちと楽しんでみませんか？ 20
MacOS X 10.4.8 PPC の rsync は起動可能なクローン作成に利用できます - Tociyuki::Diary
ググってみたところ、MacOS X 10.4 PPC 添付の ditto および rsync はリソース・フォークのコピーにバグあり、起動可能なクローン・ディスクの作成に使えないという否定的な報告が出てきます。 ⇒ Diary of a Sysadmin: Cloning Tiger by Hand これが代表的で、MacOS X 添付の /usr/bin/ditto と /usr/bin/rsync、そして macosxlabs.org の RsyncX (/usr/local/bin/rsync) の3つを使ってクローン・ディスクの作成を試みて、成功したのは RsyncX だけであると報告されています。 この結果については、私もアップデートしていない素の 10.4 で再現を確認しています。しかしながら、10.4 は既に何度もアップデートされており、rsync も 10.4.5 で入れ換
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