Jalviewを使い倒す〜配列解析・系統樹編〜
Jalviewは多重アラインメントのビューワー/エディターです。Javaで作られており、Web上で動作するプラットフォームもあります。今回は、PCにインストールしたJalviewを使用して、多重アラインメントの結果から系統樹を作成し、また多重アライメントされた配列を削除・追加します。Jalviewのインストールは、Jalviewの「Download」から、「Install with InstallAnywhere」をクリックします。そして、自分のOSに合ったインストーラ(本動画の場合MacOSX)をダウンロードします。 今回使用するデータは「ClustalWで解析した結果をTreeView Xで描写する」の中で行っているClustalwの解析結果です。また、追加する配列はUniProt ID:Q6EV72です。
Local BLAST の使い方〜導入・準備編〜 2011
今回の統合TVは、自分のコンピュータでBLAST検索を実行する方法を紹介します。 現在、さまざまなデータベースに対してウェブ経由でBLAST検索を実行できます。 しかしながら、実行速度が遅かったり、大量に検索すると怒られたり、自分の望むデータベースがなかったりする場合があります。また、まだ公開していない配列データに対してBLAST検索を実行したい場合もあるかもしれません。 そんなときには、自分のコンピュータにBLASTをインストールして、ローカルでBLAST検索を実行してしまいましょう!今回はその第一弾、”導入・準備編”としてBLASTプログラムのインストール方法やBLAST検索用のデータベース作成方法について紹介します。
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