本日の統合TVは、2013年3月22日に開催された、統合データベース講演会: AJACS本郷13(第4回統合牧場収穫祭)から、@tabris2012 および@gackelNLによる「新着論文レビューをテキストマイニング3.0: Q」をお送りします。約50分です。
![新着論文レビューをテキストマイニング3.0: Q@AJACS本郷13](https://cdn-ak-scissors.b.st-hatena.com/image/square/6e9aa421b4001443288619b324b30f048cca3625/height=288;version=1;width=512/https%3A%2F%2Fdbarchive.biosciencedbc.jp%2Fdata%2Ftogotv%2Fmovie%2Fthumbnail%2F20130403_0.jpg)
Jalviewは多重アラインメントのビューワー/エディターです。Javaで作られており、Web上で動作するプラットフォームもあります。今回は、PCにインストールしたJalviewを使用して、多重アラインメントの結果から系統樹を作成し、また多重アライメントされた配列を削除・追加します。Jalviewのインストールは、Jalviewの「Download」から、「Install with InstallAnywhere」をクリックします。そして、自分のOSに合ったインストーラ(本動画の場合MacOSX)をダウンロードします。 今回使用するデータは「ClustalWで解析した結果をTreeView Xで描写する」の中で行っているClustalwの解析結果です。また、追加する配列はUniProt ID:Q6EV72です。
今回の統合TVは、自分のコンピュータでBLAST検索を実行する方法を紹介します。 現在、さまざまなデータベースに対してウェブ経由でBLAST検索を実行できます。 しかしながら、実行速度が遅かったり、大量に検索すると怒られたり、自分の望むデータベースがなかったりする場合があります。また、まだ公開していない配列データに対してBLAST検索を実行したい場合もあるかもしれません。 そんなときには、自分のコンピュータにBLASTをインストールして、ローカルでBLAST検索を実行してしまいましょう!今回はその第一弾、”導入・準備編”としてBLASTプログラムのインストール方法やBLAST検索用のデータベース作成方法について紹介します。
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