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[2019/8/23] 遅ればせながら、接続をSSL化しました。httpでアクセスするとhttpsにリダイレクトされるようになっていますが、お手数でなければブックマークの変更をお願いします。 [2016/7/17] いくつかの記事を再アップロードしました。当時の公開日時のままですので(古いものだと2006年に書いたものもありますね…もう10年も前ですか！)、ページ上部のメニューから辿ってみてください。反応解析については、元々書いたのが古すぎるので、現在の環境で再度計算して記事にしていきたいと思います。 私が最初に備忘録的に計算化学のことを書き連ね始めたのが2001年頃。当時はインターネット上に日本語の情報が乏しく、当サイトの情報には多少の意義があったように感じます。しかし時は流れて2015年。もはや多くのページは意義がほとんど失われました。 例えば、今であれば下記のようなサイトをご覧になっ
pc-chem.info: 出力されるエネルギー値の取り扱い
量子化学計算により出力されるデータの中で、必ずと言っていいほど利用されるのがエネルギー値です。その値と出力パターンは計算の方法(プログラム・計算目的・モデル化学)の違いで変わってきます。 ここでは、GAMESS(WinGAMESS/PC GAMESS)の出力ファイルのどこにエネルギーが記載され、その値はどのように処理すべきかについて、ごく簡単に述べたいと思います。 Single Point / Geometry Optimization エネルギー計算(Single Point, RUNTYP=ENERGY)も構造最適化計算(Geometry Optimization, RUNTYP=OPTIMIZE)も、エネルギー値の出力に関しては共通しており、いずれも全電子エネルギーEel(全エネルギーから熱力学的な因子を除いた部分)が算出されます。構造最適化では、入力構造と最適化構造の2つについて詳
pc-chem.info: Counterpoise補償法によるBSSEの見積
分子間の相互作用は、計算化学が扱う主要な問題の一つです。単純に考えると、例えばAという分子とBという分子が相互作用してABという錯体を形成する場合、A,Bが単独で存在したときのエネルギーと錯体ABのエネルギーを比較して、その相互作用がどれぐらい強いかを議論するということになります。しかし、ここには思いがけない落とし穴が存在します。それが本稿で紹介するBSSE(Basis Set Superposition Error:基底関数重なり誤差)です。以下、GAMESSでのBSSEの計算方法とモデル化学による差について見てみたいと思います。 What's BSSE ? 先に述べた[A + B → A-B]における計算をもう少し詳しく見ると、Aを単独で計算するのと、A-Bという錯体で計算するのに違いがあることがわかります。即ち、錯体A-Bの中のAは、Bの基底関数を取り込むことができます。普通はこの「
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