macOS Sierra の前バージョンの OS X El Capitan から System Integrity Protection (SIP) (rootless とも呼ばれる) という機能が導入され, /usr や /System といった重要なディレクトリへの書き込みが制限されています. 通常 /usr/local にインストールされる Homebrew もこの影響を受けるため, これを回避する方法を紹介します. 対応方法 基本的に OS X El Capitan の時と同様です. El Capitan でパーミッションを設定しても, アップデートの際にパーミッションがリセットされるようです. その場合は以下の手順に従い再度パーミッションを設定してください. 2016/7 追記: Sierra から Sierra へのマイナーアップデートではパーミッションの変更作業は不要のようで