科学的には根拠が確認されていない、もしくはデタラメだとみなされているような、いわゆる「ニセ科学」「疑似科学」について、一部とはいえども学校教育に導入しようとする動きが侵食しているという。 一見人文科学的・社会科学的と見せかけての「親学」「江戸しぐさ」なども侵食を図っているが、一見自然科学と見せかけた内容でも「水からの伝言」「EM」などが一部に持ち込まれている。 「EM」については、2016年の時点でも、学校教育の場に持ち込む動きが複数の学校であったことが確認された。 EMは「有用微生物群」とされ、開発者によると微生物の働きで農業の土壌改良などに応用するとしていた。しかし、河川の水質浄化などに応用するともしたことで「逆に水質の悪化につながるのでは」という疑問が指摘された。さらには放射能除去などの作用まで話がふくらんだことで、ニセ科学として無視できないレベルとして扱われるようにもなっている。
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