大阪地検特捜部は3月末以降、籠池泰典・前理事長に対する市民らの告発などを受けて捜査を本格化。関係者への任意の聴取や、資料収集を進めていた。一方、学園が開設を目指した小学校の名誉校長を安倍昭恵首相夫人が一時務めるなど籠池氏と政治との深い関係も分かっており、捜査が政治的と見られることへの懸念が検察幹部にあった。「『籠池憎しの国策捜査』と言われてはいけない」 最終的に、「共謀罪」法案や加計(かけ)学園問題でも揺れた国会の閉会を待ち、学園事務所のある幼稚園に、園児のいない日没前の時間帯を選んで、捜索に入った。 国有地を約8億円値引きした問題についても、特捜部は財務省職員に対する背任容疑の告発を受理し、調べている。ただし背任罪は自己や第三者の利益を図る目的や、損害を与える目的が確定的にあったことの立証が必要で、ハードルは高いとされる。さらに、財務省は学園側との交渉記録を廃棄したとし、一貫して実態解明