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重回帰職人の朝は早い
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R with Vim | R-bloggers
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Rでパーセンタイルの計算 - バイオインフォマティクスって何ですか？
R | 今日は統計ソフト R でパーセンタイルの計算を行う方法を説明します。パーセンタイルとは、データを小さい順に並べたときに与えられたパーセンテージの位置にあるデータの値のことであり、分位数、分位点、分位値、パーセント点など、さまざまな呼び名があります。例えば、 0, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 というデータがあるとき、50パーセンタイル(50パーセント点)は、データのちょうど真ん中、4 と 5 の間の 4.5 ということになります(ちなみに、50パーセンタイルは「中央値」のことです)。パーセンタイルを R で計算したい場合、どうすればいいでしょうか？まず、R にはパーセンタイルの特別な場合である四分位点(クォンタイル)を計算する関数 quantile() があります。*1ちょっと上の例を計算してみましょう。 data c(0,1,2,3,4,5,6,7,8,9)
lmer研究（6）lme4 Version: 0.999375-17 - 足軽日記
lme4パッケージが更新されました。 今回は、大幅に仕様がかわったようです。 ・計算アルゴリズムを改善して、より頑健になり、計算が早くなった。 ・PQLが使えなくなった。 ・引数のmethodがなくなった。 ・glmer()という関数ができた。 ・mcmcsamp()のサンプリング方法が変わった。 今回の更新で我々エンドユーザーが特に注意しなければいけないのは、methodでしょう。 尤度を求めるmethodは、正規分布の場合"REML"と"ML"、それ以外の分布では、"Laplace"と"PQL"でした。 しかしながらPQL法は、問題があり、あまり正確な推定をしないことが指摘されています。方法がそれしか使えなかった時代ならいざしらず、現在はglmmMLやlmerのようにLhaplaceやghq(glmmMLのみ)のようにPQLより正確で尤度を求める方法が実装されているので、あえてPQLを
rpy2
The rpy2 site has moved to https://rpy2.bitbucket.io. You will be redirected in 15 s econds. About rpy2 is an interface to R running embedded in a Python process. The project is mature, stable, and widely used. Source and installation Released source packages are available on PyPi. Installing should be as easy as pip install rpy2 The source code is also in a public repository on bitbucket. Documen
omegahat.org - omegahat リソースおよび情報
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統計解析用フリーソフト・R-Tips
R は有名な統計言語『 S 言語』をオープンソースとして実装し直した統計解析ソフトです．さまざまなプラットフォーム（OS）に対応しており，誰でも自由にダウンロードすることができます．それにも関わらず，世界中の専門家が開発に携わっており，日々新しい手法・アルゴリズムが付け加えられています．とにかく計算が速い上にグラフィックも充実しているので数値計算などにも持ってこいです．このドキュメントは Windows 版 R と Mac OS X 版 R（と一部 Linux 版 R ）でコマンドを調べた足跡です． ちなみに，この頁の内容を新しくした書籍は こちら ，電子書籍版は こちら で販売されております．
Lattice - Multivariate Data Visualization with R - Figures and Code
Lattice: Multivariate Data Visualization with R - Figures and Code Chapter 1 Figure 1.1 Figure 1.2 Figure 1.3 Figure 1.4 Chapter 2 Figure 2.1 Figure 2.2 Figure 2.3 Figure 2.4 Figure 2.5 Figure 2.6 Figure 2.7 Figure 2.8 Figure 2.9 Figure 2.10 Figure 2.11 Chapter 3 Figure 3.1 Figure 3.2 Figure 3.3 Figure 3.4 Figure 3.5 Figure 3.6 Figure 3.7 Figure 3.8 Figure 3.9 Figure 3.10 Figure 3.11 Figure 3.12 F
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Controlling heatmap colors with ggplot2 | R-bloggers
K. Yam on Twitter: "ggplot2のラベルを縦書きにする方法 RT @kohske: @kozo2 +opts(axis.text.x=theme_text(angle=-90, hjust=0))っていう。"
068-29: Dating SAS and MS Excel
apply strsplit rowwise
R devel archive: [Rd] NAs by integer overflow in Spearman's test
Daina Chiba's website: R Resources