多次元尺度法で遊んでみる（オレ流 R入門） - ダウンロードたけし（寅年）の日記
多次元データをクラスタリングする際に、それらのデータを2次元データに落とし込んで可視化させたいことがあります。そんな時に便利なのが「多次元尺度法」という手法です。 個々のデータ間の距離／類似度が分かっている場合に、それらのデータの座標を求めて、データ構造を復元するようなものです。 詳しい説明は割愛します。知りたい人はwikipediaと金先生の連載を読んで下さい。 体で覚えるタイプなので、とにかく何かデータを処理してみます。 「山手線」の地図を再現 さっそく試してみます。 山手線の各駅同士の直線距離を測っておいて、そのデータから実際の位置関係を復元できるか実験してみます。 山手線全駅の距離を測るのはめんどいので、適当に抜粋してしらべました。 以下のような表になりました。単位はメートルです。 さてさて、この距離表からどのようなデータ構造が再現されるでしょうか？ このデータを統計解析ソフトRで
ブートストラップ法 - Wikipedia
モデル式 2.01×がく片長-12.57≧0のときバージニアアヤメと判別 2.01×がく片長-12.57＜0のときヘンショクアヤメと判別 （このモデル式では、バージニアアヤメは標本50個中37個、ヘンショクアヤメは50個中36個が正しく判別されている。） 最尤推定値は漸近的には正規分布することが知られている。今回の標本50個ずつのデータで出した最尤推定値（切片: −12.57、がく片長の係数: 2.01）が、どの程度正規分布に近いか、ブートストラップ法で以下のように調べることができる。 元データから n 個の標本を復元抽出する。このとき n は元データの標本数である。 最尤法でロジスティック回帰モデルに当てはめる。 このブートストラップ抽出を何度も（B 回）繰り返す。 こうして計算された「推定量の標本分布」は、本来の標本分布の近似になっている。 下図は10000回のブートストラップ抽出によ
ggplot2の概要 - ぬいぐるみライフ？
Tsukuba.R#9での発表に向けてggplot2の勉強を始めた．これまで調べたことを軽くまとめてみる． ggplot2とは 高度な2Dグラフィックの描画について統一的な操作を提供してくれるライブラリ．「The Grammar of Graphics」という思想に基づいていて，ユーザがデータのどの部分に注目したいかを記述していくだけで簡単にきれいなグラフを得られるようになっている． http://had.co.nz/ggplot2/ ggplot2のインストール いつも通り． > install.packages("ggplot2") ggplot2で図を描画する ggplot2で図を描画する方法は主に以下の2通り． qplot関数を使う 自分が得たいグラフに合わせてレイヤーオブジェクトを組み合わせる ここでは以下のggplot2パッケージ付属のdiamondsサンプルデータを使い，それ
Using CJK Fonts in R and ggplot2
ツイッターでggplot2で日本語使えるの？的な話があったので、昔書きかけた記事を中途半端に描き上げてみました。 結論から言うと使えるんですが、OSとかデバイスが何か、とかでいろいろ違うので、完全に理解するのは結構大変です。 あとRのグラフィックスはbaseベースとgridベースがあるんですが、入門書では絶対にbaseベースなので、gridベースになじめない、このあたりも誤解を招く原因になってるような気がする。描画の自由度はgridベースのほうが大きいです。お手軽なプロットならbaseだったんだけど、gridベースのグラフィックスパッケージが出てきてgridでもお手軽にできるようになりつつある、という現状なのかな。 おまじない 面倒な解説は不要、という人は以下の例で。 library(ggplot2) d <- data.frame(x=1:2, y=1:2, t=c("あ","い"))
R -- オッズ比
correct 各セルに 0.5 を加える（a, b, c, d のどれかが 0 のときには自動的に 0.5 を加える） ソース インストールは，以下の 1 行をコピーし，R コンソールにペーストする source("http://aoki2.si.gunma-u.ac.jp/R/src/odds_ratio.R", encoding="euc-jp") # オッズ比を計算する odds.ratio <- function( a, b, c, d, # 4 つのセルの観察値 correct=FALSE) # 補正をするとき TRUE にする { cl <- function(x) { or*exp(c(1, -1)*qnorm(x)*sqrt(1/a+1/b+1/c+1/d)) } if (correct || a*b*c*d == 0) { # a,b,c,d のいずれかが 0 のときに
東北電力 研究について
疫学研究では、ある因子（環境・食べ物・嗜好品等）がある病気の原因であると仮定したとき、その因子と病気との間に関連があるか無いかを調べます。 オッズ比とは、その関連の強さの指標で、オッズ比が高いほど、その因子と病気の関連性が高いことを示します。
Cytoscape: An Open Source Platform for Complex Network Analysis and Visualization
NRNB and Cytoscape Introduction to the National Resource for Network Biology How to Cite Cytoscape Cytoscape project needs your support! Please cite the original Cytoscape paper when you use Cytoscape. This is critical to sustaining our federal funding. Shannon P, Markiel A, Ozier O, Baliga NS, Wang JT, Ramage D, Amin N, Schwikowski B, Ideker T. Cytoscape: a software environment for integrated mod
Gephi - The Open Graph Viz Platform
Support us! We are non-profit. Help us to innovate and empower the community by donating only 8€: Applications Exploratory Data Analysis: intuition-oriented analysis by networks manipulations in real time. Link Analysis: revealing the underlying structures of associations between objects. Social Network Analysis: easy creation of social data connectors to map community organizations and small-worl
Google's R Style Guide
R is a high-level programming language used primarily for statistical computing and graphics. The goal of the R Programming Style Guide is to make our R code easier to read, share, and verify. The rules below were designed in collaboration with the entire R user community at Google. Summary: R Style Rules File Names: end in .R Identifiers: variable.name, FunctionName, kConstantName Line Length: ma
カミノデザイン【kaminodesign】
長いあいだ、プラモデルは表面だけを作るイメージがあったのです。中身は中空。 でも最近のプラモデルはそうじゃないからなあ。層を重ねて成形して、肌色の赤みを差したりするくらいだからなあ。
amazonのダンボール箱を使ってつくるケーキボックスのようで実はティッシュボックス【マゴクラ】ダンボールインテリア生活
もうすっかりおなじみのBX0110(BX1110、またはXM02でも可能)。 処分に困ってた、っていうコメントもたくさん。いっぽうで見たこと無いっていう人もけっこうたくさんいる箱なのです。 タテヨコが同じ大きさで、厚みだけが15ミリほど薄くなるBX1150っていう箱もあるので、この箱が届くかどうかはあと本一冊程度の違いなのかもしれません。 市販のティッシュボックスが箱のまま入ります。 中に入る最大の箱寸法は、設計寸法で幅256mm 高さ60mm 奥行き118mmです。 最近は高さ50mmの箱が多いのですが、ひと昔前は60mmが主流でした。60mmタイプはまだまだ現役ですから、その高さの箱がスッポリ入る大きさになってますよ。 というよりこのBX0110、そもそもなぜか60mmタイプがピッタリ入る大きさなのです。 型紙(展開図)はこちらからダウンロードできますよ。ケーキの箱の展開図としても使え
Speed Creating
In 2010, each day for 30 consecutive days I attempted to make something creative. I hoped to force myself into making quick decisions, creating things instinctively. You can find below an index of all 30 Days in the Speed Creating project linked to all the day’s pages. For more information about the project visit this page. I exhibited some of this project in Milan, here are some pictures. You can
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DEA入門・泉恵女学園物語 2010-11-25 - らいおんの隠れ家
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秘伝のスペアリブ＠圧力鍋 by ayumix1023
TUKLUK - Fantastic Spaces.
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amazonのダンボール箱を使ってつくる夏休みの工作 車輪【マゴクラ】ダンボールインテリア生活