“人斬り抜刀斎”の異名で恐れられていた幕末最強の剣士・剣心(佐藤健)。戦いのない世の到来とともに“不殺(ころさず)の誓い”を立てた彼は、薫(武井咲)の道場で左之助(青木崇高)や恵(蒼井優)たちと平和に暮らしていた。ある日、内務卿の大久保利通(宮沢和史)に呼び出された剣心は新政府に恨みを抱く人斬り・志々雄真実(藤原竜也)が暗躍していることを知る。「志々雄を倒せるのは剣心しかいない」と、志々雄討伐を懇願する大久保。剣心は悩むが、大久保が志々雄の部下・瀬田宗次郎(神木隆之介)に暗殺されたことを知り、京都へ向かうことを決意する。 剣心は道中で出会った操(土屋太鳳)と共に志々雄が支配する村に立ち寄る。そこには志々雄が剣心のために用意した“罠”が待ち受けていた・・・。ついに剣心は志々雄と対面。しかし剣心が人斬りではなくなったことに気付いた志々雄はその場を去っていく。残された宗次郎と対決する剣心だったが
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