ぜひ押さえておきたいコンピューターサイエンスの教科書
僕はバイオインフォマティクスという生物と情報の融合分野で研究を行っています。東大の理学部情報科学科にいた頃は同僚のマニアックな知識に驚かされたものですが、そのような計算機専門の世界から一歩外に出ると、それが非常に希有な環境だったことに気が付きました。外の世界では、メモリとディスクの違いから、オートマトン、計算量の概念など、コンピューターサイエンスの基礎知識はあまり知られていませんでした。コンピューターサイエンスを学び始めたばかりの生物系の人と話をしているうちに、僕が学部時代に受けた教育のうち、彼らに欠けている知識についても具体的にわかるようになってきました。 バイオインフォマティクスに限らず、今後コンピュータを専門としていない人がコンピューターサイエンスについて学ぶ機会はますます多くなると思われます。そこで、これからコンピューターサイエンスを学ぼうとする人の手助けとなるように、基礎となる参
[TeX] 論文執筆のサイクル短縮
いろいろためしてみたけれど、どうやら、TeXで論文を作成するときは、PDF形式でpreviewするのが最速のようです(Windows環境において）。 こんな発見があったのも、今まで使っていたMikTexのYap(DVI viewer)が、最新版のものでは過去のものより処理が遅くなってしまって、版を確認するのに時間がかかるようになってしまったから。 texを書いてはdvi形式で確認していたところを、代わりにPDFを生成するようにしたら、かなり快適になりました。キー１つでtexをコンパイルして、PDFを一発表示できます。 ポイントは、 pdflatexで、texからpdfの生成pdflatexはeps形式の画像ファイルを扱えないので、epstopdfを使うか、distill（角藤さん作成）でコマンドラインからAcrobat Distillerを呼び出して、eps->pdfへの変換をするというか
OMakeで快適に論文執筆：TeX編
Windows上でTeXの論文を快適に書くためのTipsを紹介。インストールが必要なものは以下の通り：OMake： ファイルの更新をモニターして自動再ビルドしてくれる優れものTeX一式： 僕は英語論文しか書かないのでMikTeXを使っています。インストールが簡単pdfopen, pdfclose: Acrobat Reader でPDFファイルを開け閉しめするのに使います（MikTexにも同梱されていますが、back機能が使えるこちらの方が便利。参考：http://magic.aladdin.cs.cmu.edu/2005/07/15/pdfopen-and-pdfclose/)omakeと、pdflatex, pdfopen, pdfcloseがコマンドライン（コマンドプロンプトやCygwinシェル）から使えるように、環境変数PATHを設定します。 以下は僕の使っているCygwin用の.
炭鉱のカナリア
論文書きなどで論理を練る訓練をしていると、文章には、指す対象を「あいまい」にしたまま扱える「表現力の強さ」がある、と気付くようになりました。 論文ではあいまいな表現はすぐに潰しますが、ブログで書く文章では、対象を限定しすぎてしまわないように敢えて「あいまい」にしたり、意図的に、根拠などが「あいまい」な事柄をもとに「あいまい」なことを書いて、AでBになり、だからCという一直線のロジックだけではうまくとらえられないものを表現したりしています。 なので、曖昧かどうかの区別は、おそらく普通の人より随分とはっきりしていて、読み手がどの部分に「あいまいさ」を感じて、ひっかかるかは、把握しているつもりです。 それゆえ、はてブなどで、他の人にとっては「あいまい」な表現だと気づかずに、自分の世界の中だけしか意味の通じない文章を、敵意むき出しで投げかけられると悲しくなります。なぜなら、そのような言葉を投げかけ
Leo's Chronicle: データベースシステム入門：「データベースは体育会系図書館？」
（データベースシステムとその研究の世界を一般の人にわかりやすく伝えるため、「図書館」をモデルにした話を書いてみました。試験に出そうな（？）部分は太字で強調してあります。） 「データベース」という言葉は、データの集まりという意味です。データベースシステムの研究では、例えて言うなら「欲しい本がすぐに見つかる図書館」をいかに作るかという問題を考えます。ここで「データ」は図書館の「本」に相当し、「ハードディスク」は「本棚」がたくさん収められている図書館の建物だと考えてください。 「欲しい本がすぐに見つかる」とはどういうことでしょうか？例えば、図書目録を調べて目的の本棚の番号がわかったとしても、本棚までの距離が遠ければがっかりしてしまいますよね？（高すぎて手が届かない、とか泣けてきます）
知性が失われて初めて言語が「亡びる」
論文が読みやすいとしたら、それは良く練られているからだ。そもそも、わかりやすい表現が良いというのは、日本語、英語の区別がない。文章を吟味することから「逃げ」て済むなら良いが、それでは投稿してもろくに読まれないから身を滅ぼす。安易にこのような考えに同調する人がいるのがとても心配だ。 日本人が書いた日本語論文であっても読みにくい例の枚挙には暇がない。口語の方がわかりやすい？口語中心のブログでも読みにくい文章はうんざりするほどある。（例えば、「日本語が亡びるとき」の書評を批難したり、あるいは水村美苗本人を攻撃するときに、読みやすく、かつ、知性をうかがわせる文章で応えた人はほとんど見受けられない） もし世界の標準が「日本語」で、皆が日本語で論文を書くようになったとしたらどうだろう。段落ごとに「てにをは」や「漢字」の間違いが出てくるような論文は、すぐに読む気がなくなってしまうのではないだろうか。 崩
サーバーをいくつか経由してsshログインする方法
sshでサーバーをいくつか経由して、目的のサーバーに接続する方法です。 sshで、server(Bとする)に接続したいけれど、severBは、serverAを経由しないとアクセスできない位置に設置されているとします。 localhost -> serverA -> serverB ssh serverA ssh serverB と実行すれば一応接続できるのですが、ssh (remote host) (command ...)という構文で、コマンドを実行するだけなので、serverBにログインした後、すぐconnectionが切断されてしまいます。 rsyncなどは、この形式でも、以下のように使えば、serverBのデータを取得できます。 rsync -av -e 'ssh serverA ssh' serverB:./(src) (dest) 本題のsshですが、 ssh -t serve
Leo's Chronicle: 良い論文を書くために知っておくべき５つのこと
英語で科学技術論文を書くための書籍はいくつか出版されていますが、大抵、日本語と英語の表現やロジックの違いの説明が主で、「論文」というよりは「英語」の学習と質的に変わりません。ここでは、「論文」をいかに書くか、さらには「論文」を書くために「研究」をいかに進めるかという点に踏み込んだ内容を紹介していきます。 まず、コンピューター系の論文の書き方のHow toを示した書き物として、DB分野で有名なJennifer Widomの以下の記事が、良い指針となります: Tips for Writing Technical Papers (Jennifer Widom)この中から、introduction (導入部）で説明すべきことについて引用しました。 What is the problem? (解いている問題は何?） Why is it interesting and important? (なぜその
研究者はどれくらい論文を読むのか？
自宅にあった、ここ５年間に読んだ論文を集めたらこれくらいになりました。（ちなみに全部両面印刷。ラボにも、もう1山分？くらいあります） 今や論文のPDFファイルはネットで簡単に入手できる時代で（ただし英語に限る）、画面の大きなディスプレイなら、そのまま読んでも特に不自由がありません。（なぜ印刷するかというと、電車の中やカフェで読んだり、お風呂で読んでも安心だったり（え？）、読み終わったら子どもに落書きさせたり（ええ？）するためです）。とにもかくにも、印刷された論文は家に置いておくとスペースをとってしまうので、1ページ目だけ読んだ記録用に残し、後は廃棄するために、子どもがホチキスの針をはがしてくれました。いい子。
Leo's Chronicle: 東大で学んだ「勉強」の意味－「教わる」から「学ぶ」へ
以下の記事を読んで、これは大学としての文化が違うのだなと感じました。 大学ってもっとすごいところだと思っていた。 なんかこう、毎日が発見に溢れていて大学じゃなきゃ知り得ないことがたくさんあって・・・ そんな素晴らしい世界だと思っていたのに・・・。 大学で秘伝を習うたった1つの方法 対価を支払っていないから秘伝を知り得ていないのだ。そこにいる人たちの中で、賢い人たちは全員秘伝を知っているし、その取得方法もわかっている。 とりあえず自分が、秘伝を教えてもらえるのにふさわしい対価を払えるようになろう。さすれば、自然と大学にある知の秘伝があなたのものになる。 どうやら大学には「秘伝」なるものがあって、それは「対価」を払って「教わる」か「引き出す」ものらしいです。「対価」として考えられるのは、学生さんのポテンシャルであったり、議論していてわくわくさせてくれるような「きらりと光る何か」だと思います。そ
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