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１４年度に文部科学省が把握した研究不正は、ＳＴＡＰ（スタップ）細胞や東京大学分子細胞生物学研究所の論文問題など少なくとも１２件に上り、科学に対する国民の信頼が揺らいでいると危機感を示した。研究不正に対する政府や科学界の取り組みも不十分だったと総括し、研究現場での実効的な取り組みが必要だと指摘した。 １９９５年に科学技術基本法が施行されてから今年で２０年だが、白書は、日本の論文数の世界全体に占める割合は低下傾向で、基礎的な研究の独創性や多様性も落ちていると分析。国際的な研究ネットワークの中核からも外れている傾向があるとの課題を挙げた。
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