GPUを用いた分子動力学法におけるVerlet list構築 - Qiita
はじめに 分子動力学における近接粒子リスト(Verlet listとも)の構築をするコードを論文[1]に記述されているGrid search methodに基づいて実装した。C++で実装したのち、CUDAとthrustを用いてGPUでも動くようにした。ソースコードはここにある。 この記事ではCUDAとthrustでどのように実装したかについて説明する。 分子動力学法のアルゴリズムについてはkaityo256先生が分子動力学法ステップ・バイ・ステップ その1から分子動力学法ステップ・バイ・ステップ その5にまとめているのでそちらを見てからのほうがわかりやすいと思う。 Verlet listのことは Wikipediaや分子動力学法ステップ・バイ・ステップ その2を参照。 Grid search methodは分子動力学法ステップ・バイ・ステップ その3を参照。 Grid search met
東工大、TSUBAME2.0を用いて都心部の気流を1mの解像度でシミュレーション
東京工業大学(東工大)は10月9日、同大のスーパーコンピュータ「TSUBAME2.0」を用いて、東京都心部の10km四方のエリアに対し、実際の建造物のデータをもとに1m間隔の格子解像度で詳細な気流をシミュレーションすることに成功したことを発表した。 同成果は同大学術国際情報センター(GSIC)の青木尊之 教授と小野寺直幸 特任助教らの研究チームによるもので、TSUBAME2.0に搭載されているほぼすべてのGPU(4264台搭載中4032台)を用いることで実現したという。 計算方法としては大規模計算に適している格子ボルツマン法を用い、発達する乱流を計算するために広域的な平均操作を行わないラージエディ・シミュレーションモデルを導入し、1mの格子間隔で水平方向に10,240×10,080格子、鉛直方向に512格子を用い、計算領域を4,032に分割して4,032台のGPUで計算を行った。 シミュレ
イオンで作る量子コンピューター｜日経サイエンス
超弩級の能力を持つと期待される量子コンピューター。原子や光子，人工の微細構造にデータを保存して処理する設計が考えられている。最も進んでいるのが捕捉イオンを操る研究だ。イオンにデータを蓄え，他のイオンに転送できるようになっている。開発を阻む原理的な障害はない。 私たちが行っている捕捉イオン実験では，電気的に浮揚させた個々のイオンが小さな棒磁石のように振る舞う。各々の棒磁石の方向（上向きと下向き）が量子ビットの1と0に対応する。レーザー冷却（原子に光子を散乱させることで原子の運動エネルギーを奪う方法）によって，捕捉トラップ内のイオンをほぼ静止させる。 これらのイオンは真空容器中にあるので周囲の環境からは分離されているが，イオンどうしの電気的反発による強い相互作用を利用して「量子もつれ」を作り出すことができる。量子もつれは個々の量子ビットの観測結果が相関し合う現象で，粒子の間を結ぶ“見えない配線
プレスリリース＜JAMSTECについて＜海洋研究開発機構
【ポイント】 IPCC AR5に向けて、世界に先駆けた気候変動予測研究の新たな知見を創出 IPCC 新シナリオを実現するための今世紀の化石燃料起源CO2排出量を算出 近未来気候予測実験に成功 温暖化による台風の接近数は減るが強度が増す可能性を予測 独立行政法人海洋研究開発機構（理事長 加藤康宏）、国立大学法人東京大学大気海洋研究所（所長 西田睦）および気象庁気象研究所（所長 伊藤秀美）らは、文部科学省「21世紀気候変動予測革新プログラム」（以下、「革新プログラム」。2007年度～2011年度）に参画し、地球環境予測、近未来予測、極端現象予測等、世界に先駆けた気候変動予測研究を進めております。その中で、気候変動に関する政府間パネル(IPCC)第5次評価報告書（AR5）*1に向けた気候変動予測の主要な数値実験がほぼ終わり、その計算結果の解析から新たな知見が出始めました。 地球環境予測では、将来
47NEWS（よんななニュース）
大宮銀座通り、歩行者天国でライブ開催 音楽グループら「何かできないか」 前回は20万円以上の募金集め、能登半島地震で被災した障害者ら支援 今回も協力を呼びかけ、次回は3月24日開催へ
【レポート】科学技術計算を加速せよ - 「Accelerated Computing」が開催 (1) GPUが加速する科学技術演算の速度 | エンタープライズ | マイコミジャーナル
理化学研究所(理研)とNVIDIAの日本法人であるエヌビディア・ジャパンは1月28日と29日の2日間にわたり、科学技術計算を加速させるアクセラレータとしてGPGPUがどういった分野に適しているのかを討論する「Accelerated Computing」を開催した。 理化学研究所 基幹研究所 先端計算科学研究領域 システム計算生物学研究グループ グループディレクターの泰地真弘人博士 スパコンに用いられる汎用アクセラレータは、現在主なものとしては「Clearspeed」「GRAPE-DR」「GPGPU」などが挙げられるが、「GPGPUについては、NVIDIAがCUDAの提供を開始して以降、爆発的に広がった」(オープニングスピーチを行った理研 基幹研究所 先端計算科学研究領域 システム計算生物学研究グループ グループディレクターの泰地真弘人博士)という状態となっており、今後、より広い科学技術分野
「技術立国ニッポンの虚像が露呈した」
世界一の計算速度に固執した国策の次世代コンピュータ。無駄な予算を判定する行政刷新会議の事業仕分けは、なぜ、事実上の凍結判定を下したのか。計算科学の専門家で、仕分け人として鋭い指摘を関係者らに浴びせかけた東京大学の金田康正教授は、迷走した一連のスパコン問題の根底には「日本の科学と技術への無理解がある」と指摘。「技術立国ニッポン」は虚像であることが露呈したことを示唆する。（聞き手は島田 昇＝日経コンピュータ） 予算復活はいいが不本意 迷走した国策スパコン事業の予算が復活した。率直な感想は。 現時点（12月18日）で文部科学省の見直し内容の詳細が公開されていないため、あくまでマスコミ発表の情報を基に議論せざるを得ない。そのため、どの点を見直すべきかコメントしづらい状況ではあるのだが、率直な感想としては「予算が復活したことはいいが、不本意である」ということだ。 スパコン事業が凍結となれば、日本の技
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» SC14:東工大 松岡聡教授がSidney Fernbach賞
首都直下地震、スパコンで１８０万棟の揺れ予測 : ニュース : ホームガイド : YOMIURI ONLINE（読売新聞）
N体問題プログラムのインテル® Xeon Phi™ コプロセッサー向け移植の評価 | HPCシステムズはすべての研究開発者に計算力を提供します。
https://jp.techcrunch.com/2013/01/29/20130128stanford-breaks-the-million-core-supercomputer-barrier-to-study-jet-turbulance/
【イベントレポート】 【NVIDIA Manufacturing Day 2013レポート】(後編) 自動車業界でのGPGPUの普及が急速に進む
文科省 次世代スパコンプロジェクト ナノ・ライフ公開シンポジウム
Video: President Obama on Winning the Future at Intel - High-Performance Computing News Analysis | insideHPC
YouTube - HD version - The longterm fate of the oil spill in the Atlantic
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