NGS Surfer's Wiki | CufflinksCufflinks 概要 TopHatなどを利用してgenomeに対してRNA-Seqをマッピングした結果を入力に、既知のアノテーション情報に依存しない遺伝子構造予測とその発現量情報を出力するツールです。 概要図 # fastqファイルをgenomeにmapping # paired-endによるシークエンスにはmate innner distanceを指定 $ tophat -r 50 --solexa-quals /path/to/ bowtie-indexes/chr1 /path/to/samples/ exp_1.fq /path/to/samples/exp_2.fq # 得られたaccepted_hits.samから発現量を計算 # 同じくmate innner distanceを指定 $ cufflinks -m 50 /path/to/exp_tophat_out/ ac
