NGS Surfer's Wiki | HomePage
HomePage TikiWikiのバージョンアップ 【2012.2.29】 NGS Sufer's Wikiで使用しているTikiWikiのバージョンをv5.4からv8.3にアップしました。このバージョンアップにより、セキュリティがより強化されスパム等の不正書き込みをできる限り遮断する設定にしています。 サイト内検索 by googleカスタム検索 メインコンテンツ 初めての方へ シーケンサーの一般論 次世代シーケンサーの概要 DNAマイクロアレイと次世代シーケンサーの比較 シーケンサープラットフォーム(機種)の違い アプリケーションリスト アセンブル (de novoアセンブリ, トランスクリプトームアセンブリ, メタゲノム) トランスクリプトーム解析 (発現解析、スプライシングバリアント解析、ncRNA・smallRNA解析) リシーケンシング解析 (WGS, exome, CNV,
NGS Surfer's Wiki | Cufflinks
Cufflinks 概要 TopHatなどを利用してgenomeに対してRNA-Seqをマッピングした結果を入力に、既知のアノテーション情報に依存しない遺伝子構造予測とその発現量情報を出力するツールです。 概要図 # fastqファイルをgenomeにmapping # paired-endによるシークエンスにはmate innner distanceを指定 $ tophat -r 50 --solexa-quals /path/to/ bowtie-indexes/chr1 /path/to/samples/ exp_1.fq /path/to/samples/exp_2.fq # 得られたaccepted_hits.samから発現量を計算 # 同じくmate innner distanceを指定 $ cufflinks -m 50 /path/to/exp_tophat_out/ ac
NGS Surfer's Wiki | BEDtools
概要 目的の異なるいくつかのBEDに関係する処理を行うプログラム群です。 BEDファイルの処理というよりは、ゲノム上にあるアノテーション情報の和をとったり、差をとったり、積をとったり、配列を切り出したりします。 BEDtoolsという名称ですが、殆どのプログラムはBED以外にGFF,VCFも同様に扱えるようです。 注意 BEDtoolsは経験上BED6の情報しか考慮していません。BED12フォーマットでは、exon-intron構造や、CDSの開始/終了を定義できますが、これらの情報は無視されます。以下確認済みの subtractBedでは7カラム目以降は全く修正されず、入力そのままが出力されます。 fastaFromBedでは開始座標から終了座標が切り出されます。ブロックの開始位置、ブロックの長さは無視されます。 仕様の詳細確認 BEDtools coverageBEDの詳細仕様確認 プ
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