RNA-seqデータの解析パイプラインを作ろう（TopHat-Cuffilnks）
RNA-seqデータの解析例をメモ。 あくまで一例なので、ここで取り上げた方法がすべてのデータに対して良いとは限りません。 一つ一つコマンドを入力していってもいいのですが、手間なのでシェルスクリプトを活用し複数の処理（コマンド）をまとめて行った例を示します（いわゆる、バッチ処理）。 以下では、RNA-seqデータの解析例をシェルスクリプトを示しました。 #!/bin/sh for file in "$@" do #Illumina CASAVA Filter [Y]を除去 fastq_illumina_filter -N -o /path/to/"$file"_casava.fastq /path/to/"$file".fastq #Phred quality score 20未満が80%以上のリードを除去 #Phred quality score 20未満の末端を除去 #配列長が10bp
Galaxyを使い倒す特定の転写因子予測結合領域と遺伝子上流領域の「交差点」をリストアップする
Galaxyは、Penn State University Center for Comparative Genomics and Bioinformaticsで開発されているゲノムデータの統合解析のためのメタサーバー(Metaserver for integrative analysis of genomic data)です。これを使うといろいろなことができますが、今回はDBCLSで公開予定のGalaxyサーバーを利用して、特定の転写因子予測結合領域と遺伝子上流領域の「交差点」をリストアップする方法を紹介しています（20090422追記：こちらのサーバーはログインを要求されるので、一時的に試す場合は本家のサーバーを利用するとよいでしょう）。具体的には、Galaxy のインターフェースから UCSC Table Browser（以前に統合TVでも「UCSC Table Browserを使い
【文字起こし】iPS研究所の『山中伸弥』教授のSTAP細胞に関する考察 - だいちゃん.com
2014-02-09 【文字起こし】iPS研究所の『山中伸弥』教授のSTAP細胞に関する考察 今回の、STAP細胞の論文、私は心から感動しました。 これまで、外から遺伝子を加えることでしか出来なかった万能細胞が、ストレスをかけるだけ、という全く違う方法で出来るという、本当に驚きました。 研究に成功された小保方先生をはじめ、関係者の先生方、本当におめでとうございます。 私たちのiPS細胞研究所でも、是非、STAP細胞の研究も行って、細胞の初期化の原理の解明、新しい将来の治療法、そういったものに貢献出来たらと思っています。 一方で、今回、STAP細胞の報堂が、iPS細胞より安全、iPS細胞より効率が高い。 そのような形で報堂されたことに対して、大変残念に思っております。 2006年、私たちはマウスでiPS細胞の樹立を報告しました。８年前です。 その時の、初代のiPS細胞。確かに、樹立効率は低く
成人の皮膚細胞から毛の生える幹細胞できた、世界初
ハゲ対策と言えば残った自毛脱いて薄くなったところに植える自毛移植か育毛剤かカツラぐらいですけど、ペンシルベニア大が成人の皮膚細胞を、毛包再生可能な幹細胞に戻すことに成功したと発表、もしや育毛科学に革命がくるやもしれないと期待が持たれています。 成熟細胞を、毛包が育つ特定タイプの幹細胞に変えたのは今回が初めて。実験したのは同大医学大学院のXiaowei George Xu准教授で、成果は今週の｢Nature Communications｣に掲載中です。いや～万能細胞のニュース続きますね。 研究ではまずヒトの皮膚細胞の種別のひとつである皮膚線維芽細胞を用意。これを多能性幹細胞（人体のどんなタイプの細胞にでも形を変えることが可能。2004年に実現したテクニック）に変える遺伝子を加え、さらに遺伝子操作を行い、上皮幹細胞（成長した毛包の中に見つかるタイプの幹細胞）に変えました。 で、この上皮幹細胞を
VirtuosoをMac OS Xにインストール - 週末京都
Semantic WebだとかLinked Dataだとか，いろいろなとこから公開されているデータを自分のPC上で組み合わせることで新たな価値を創出する，そんな時代になりつつあります。しかしそのためには，それを容易にする基盤が必要です。というわけで，RDFストアとしてVirtuosoをMac OS Xにインストールしたのでそのログです。なお，VirtuosoはOpen-Source Edition，Mac OS Xのバージョンは10.6（Snow Leopard）です。 Gawkのインストール Virtuosoのインストールをする際にGawk（GNU Awk）が必要なので，あらかじめ入れておきます。Gawkはここからダウンロードします。 $ cd gawk-3.1.1 $ ./configure $ make $ sudo make install ちなみに3.1.1は最新版のGawkでは
新型インフルエンザもヤバいが人類もすげぇぞ（バイオ的な意味で）！！ - ミームの死骸を待ちながら
さて、メキシコ発の豚インフルエンザのパンデミック警戒フェイズが、4(人から人への感染が確認される)からフェイズ5(広い地域で人から人への感染)に引き上げられた。 残るフェーズは、「現実に世界的に大流行している」という、フェーズ６しかない。フェーズ６は、いわば世界戦争が始まった状態だ。 緊急提言 「新型インフルエンザ」感染地域が急速に拡大中 日本も水際阻止ができるかどうかの瀬戸際で、感染の疑いがある高校生に詳細な検査*1が行われるなど殺気立っている（ちょうどコレを書いているときに報道されてる） 国内で初めて、新型の豚インフルエンザの疑いがある患者が見つかったと発表した。 朝日新聞デジタル：どんなコンテンツをお探しですか？ 豚インフルエンザについて BBC News の投書欄が怖すぎる件について - elm200 のノマドで行こう！ 日本を新型インフル渦に陥れる毎日新聞の無責任体制 - ken
オープンソースで始めるゲノム・プロテオーム・メタボローム解析 | Ohmsha
はじめに 第Ⅰ部 オミクス研究に必要なバイオインフォマティスクス、ケムインフォマティクス、データベース技術 第１章 オミクス研究と必要なリソース 第２章 Windows とLinux 第３章 データの形式 第４章 バイオインフォマティクスのツール 第５章 ケムインフォマティクスのツール 第６章 リレーショナルデータベース 第７章 全文検索システム 第８章 スクリプト言語の利用 第９章 データ解析環境R 第10章 情報検索 第II部 オミクス研究を支援するLinuxサーバとネットワークの管理技術 第11章 Linux サーバの運用と管理 第12章 ネットワークの構築と管理 参考文献 あとがき はじめに KNOB DVD-ROMについて 第 I 部 オミクス研究に必要なバイオインフォマティクス、ケムインフォマティクス、データベース技術 第 1 章 オミクス研究と必要なリソース 1.1 オミクス
はてなグループの終了日を2020年1月31日(金)に決定しました - はてなの告知
はてなグループの終了日を2020年1月31日(金)に決定しました 以下のエントリの通り、今年末を目処にはてなグループを終了予定である旨をお知らせしておりました。 2019年末を目処に、はてなグループの提供を終了する予定です - はてなグループ日記 このたび、正式に終了日を決定いたしましたので、以下の通りご確認ください。 終了日: 2020年1月31日(金) エクスポート希望申請期限:2020年1月31日(金) 終了日以降は、はてなグループの閲覧および投稿は行えません。日記のエクスポートが必要な方は以下の記事にしたがって手続きをしてください。 はてなグループに投稿された日記データのエクスポートについて - はてなグループ日記 ご利用のみなさまにはご迷惑をおかけいたしますが、どうぞよろしくお願いいたします。 2020-06-25 追記 はてなグループ日記のエクスポートデータは2020年2月28
「オープンソースで学ぶバイオインフォマティクス」の出版を支援
【「KNOPPIX for BIO」(KNOB)の概要】 バイオインフォマティクス環境を準備不要で即座に利用できる、OSとアプリケーション群を含むオープンソース・ソフトウェアです。母体となる「KNOPPIX」は、ハードディスクにインストールすることなくCD-ROMまたはDVD-ROMから直接起動することが可能なLiveCD/DVD Linuxで、本書籍の添付DVD-ROMを入れてパソコンを起動させるだけでバイオインフォマティクス関連プリケーションが使用でき、書籍の演習内容をそのまま実習できる環境を提供します。 【「EZ Tune LiveCD」の概要】 使用目的にあわせたLiveCD/DVD Linuxを作成するためのカスタマイズ(リマスタリング)作業を容易にするツールです。GUIでの操作や、アプリケーションの追加削除、操作内容の保存などが可能です。 注釈 注1 バイオインフォ
プレスリリース : 日経電子版
日経新聞電子版のプレスリリースページ。各企業・団体の新製品、新サービスのプレスリリース（報道機関向け発表資料）など最新情報をまとめて掲載します。個別の企業名や業種での検索も可能で、原則、発表当日に掲載。
NCBI ミニコース日本語版
"NCBI Mini Courses"は、米国立生物工学情報センター(NCBI)が公開している解析ツールや データベースの実践的な使用方法を紹介している教育サイトで、 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Class/minicourses/で 公開されています。 本サイトは、NCBI mini-coursesを日本語に翻訳し、JSTが独自に補足説明を加え、「NCBIミニコース日本語版」として公開しています。 NCBI mini-coursesは「疾患関連遺伝子の同定」のような問題解決型のテーマや 「Map Viewerクイックスタート」のようなNCBIで提供しているサービスについての講習会を全米各地で開催し、 その際の講習内容をウェブサイトで公開しています。 １コースは、１時間半の講義と１時間の実習から構成されています。 JSTではNCBImini-coursesのいく
404 Blog Not Found:書評 - 生物と無生物のあいだ
2007年06月06日06:00 カテゴリ書評/画評/品評SciTech 書評 - 生物と無生物のあいだ 感無量。 生物と無生物のあいだ 福岡伸一 読書からこれほど痛みを伴った感動を味わったのは、"Contact"以来だ。 本書「生物と無生物のあいだ」は、分子生物学史であるのと同時に福岡伸一という分子生物学者史でもある。まぎれもない史実(ノンフィクション)なのに、最高の物語(フィクション)を読まされたような読後感。本物の科学者の、本物の経験からしか得られない感動がそこにある。 オビより 福岡伸一さんほど生物のことを熟知し、文章がうまい人は希有である。サイエンスと詩的な感性の幸福な結びつきが、生命の奇跡を照らし出す。 茂木健一郎氏 確かに、文章のうまさは一級品だ。本来であれば科学者にしか味わえぬはずの感動を読者に味わわせる、少なくとも味わった気にさせられるだけでも、福岡伸一の筆がいかにすぐれ
1
リリース、障害情報などのサービスのお知らせ
最新の人気エントリーの配信
j次のブックマーク
k前のブックマーク
lあとで読む
eコメント一覧を開く
oページを開く
発現解析パイプラインを作るぞ！ その1： TopHat の使い方
https://www.jst.go.jp/nbdc/bird/jinzai/literacy/streaming/h21_4_1.pdf
g86 has gone.
富士通ＳＳＬ、書籍に添付されるオープンソース・ソフト開発やＤＶＤ制作に協力の紹介：フリー（無料）CMS／オープンソースソフトウェアの比較・紹介ならCMSナビ
Ohmsha オープンソースで始めるゲノム・プロテオーム・メタボローム解析
mypress.jp
第１回 プロローグ“酒都”西条で、微生物を語る（前編） (辺境生物探訪記)