ウィーンの中産階級の家庭に生まれた。身長192cm、体重90kgの偉丈夫でウィーン工科大学在学時にはフェンシング選手としてウィーンで名が知られ、15回の個人的な決闘(学生決闘(メンズーア))を行い、10回目で頬に大きな傷を残した[2]。 1931年にオーストリア・ナチ党に加わり、すぐに突撃隊に入隊した。当初から指導者としての適性を示し、1938年3月12日のドイツのオーストリア合邦の際には、併合協定調印を拒んだヴィルヘルム・ミクラス大統領をナチスの暴漢から守った。 1939年、第二次世界大戦が始まると土木技師をしていたスコルツェニーは空軍に志願したが、30歳を越えていたため入隊できなかった。替わって親衛隊特務部隊に入隊、1940年2月21日にLSSAH師団の一員として実戦に参加する。 東部戦線においてスコルツェニーは技術将校を務め、師団の戦車や車両の整備にあたっていたが彼はそれだけの任務に