自民党の伊吹文明元衆院議長は5日の二階派会合で、日本学術会議の会員任命拒否問題に関連し「学問の自由と言えば、水戸黄門の印籠の下にひれ伏さなくてはいけないのか。憲法は、自由は乱用してはならないと定めている」と述べ、学術会議側をけん制した。 学術会議の会員は特別職の国家公務員だと指摘し「一方的に政治的な声明を出すとか、学術会議の肩書で政治的な発言をするのは自粛しないといけない」と強調した。 任命拒否した菅首相について「心中を忖度すれば、政府の一組織である者には、一方的な意見公表は自重してもらいたいと。人事を含め考えたという気持ちだったのではないか」と語った。