生物の代謝産物は大きく「一次代謝物(primary metabolite)」と「二次代謝物(secondary metabolite)」に分けることができる。 一次代謝物とは、生体を維持するのに必須の物質群であり、生物に共通に存在するものである。 例えば、DNA、RNA、蛋白質、炭水化物、脂質など高分子化合物およびその構成単位である核酸、アミノ酸、単糖類、脂肪酸はほとんどの生物にとって欠くことのできないものである。 その他、高等植物に含まれる繊維質であるリグニン、セルロースも機械的組織の基本的要素であるので、一次代謝物とされる。 一次代謝物は多く の生物にとって共通の化学成分であるから、ヒトを含む動物は、植物を食べて、その中に含まれる一次代謝物を栄養素として摂取している。 これに対して、一次代謝系から派生してできたもので、生物にとって必ずしも必須とは目されないものが二次代謝物と称されるもの